-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Установка и настройка
Для нормальной работы программы желательно иметь объём оперативной памяти не менее 3-4 Гб. Наращивание объёма памяти до размера, вдвое превышающего размер обрабатываемых Вами данных, увеличит скорость работы программы.
Для работы через командный интерпретатор Python, либо через Jupyter Notebook подойдёт любая операционная система, поддерживающая работу с Python, в том числе и Microsoft Window. Однако для корректной работы графического интерфейса необходима операционная система Linux
Ниже показана предварительная установка под операционную систему Linux Ubuntu Desktop. Установка на другие операционные системы может различаться.
Для начала нажмите на иконку в левом нижнем углу. В строке поиска введите слово "Терминал", после чего нажмите на иконку с терминалом. Вы должны увидеть следующее окно.
Разверните его на весь экран.
Теперь Вам необходимо убедиться в том, что у Вас установлен Python и компилятор g++. Для этого введите следующие команды:
sudo apt install python3
sudo apt install python3-pip
sudo apt install g++
sudo apt install libgtk-3-dev
Наконец, Вам надо установить дополнительные пакеты для Python
pip3 install psutil
pip3 install numpy
pip3 install matplotlib
pip3 install wxpython
pip3 install scipy
pip3 install pypng
pip3 install xlwt
pip3 install pandas
Теперь Вы можете закрыть окно терминала
Откройте следующую ссылку: https://github.com/serik1987/ihna_kozhuhov_image_analysis
После открытия нажмите на кнопку Clone or download, затем - Download ZIP. На Ваш компьютер будет скачан архив, который Вам необходимо будет распаковать. При этом, непринципиально, в какую папку Вы будете распаковывать этот архив, поскольку после завершения установки он Вам больше не понадобится. Теперь в Менеджере файлов откройте папку ihna_kozhuhov_image_analysis-master, после чего нажмите правой кнопкой мыши на свободное от файлов пространство и выберите "Открыть в Терминале".
В терминале вам необходимо запустить две команды:
python3 setup.py build
sudo python3 setup.py install
После успешного завершения выполнения каждой из этих команд Вы должны увидеть следующее
сообщение:
This action has been accomplished successfully!
Если Вы его не увидели, то не переходите к следующему этапу установки (то есть, не вводите следующую команду).
Закройте терминал. После успешной установки в папке ihna_kozhuhov_image_analysis-master Вы увидите папку build. Войдите в неё, а затем войдите в папку scripts-3.6 (Цифры в названии папки могут быть любыми). После чего перенесите файл iman на Ваш рабочий стол.
Теперь Вам необходимо создать рабочую папку. Создайте в Документах или на Рабочем столе папку, в которую Вы будете складывать результаты обработки данных. После этого перенесите в эту папку файл iman.
Убедитесь, что Ваш менеджер файлов настроен корректно. Для этого в меню "Файлы" в левом верхнем углу экрана выберите пункт "Параметры". Затем перейдите на вкладку "Поведение". Убедитесь, что параметры настроены так, как это указано на рисунке ниже, после чего закройте данное окно
Теперь дважды щёлкните по значку iman, и в появившемся окне выберите пункт "Запустить".
(C) Valery Kalatsky, 2003
После использования данного дистрибутива ссылка на следующую статью в Вашей работе обязательна: Kalatsky V.A., Stryker P.S. New Paradigm for Optical Imaging: Temporally Encoded Maps of Intrinsic Signal. Neuron. 2003. V. 38. N. 4. P. 529-545
(C) Sergei Kozhukhov, 2020
(C) Laboratory of Physiology of Sensory Systems, the Institute of Higher Nervous Activity and Neurophysiology, Russian Academy of Sciences, 2020
Дистрибутив является интеллектуальной собственностью Института высшей нервной деятельности и нейрофизиологии РАН
Использование данного дистрибутива допускается или сотрудниками Лаборатории физиологии сенсорных систем, или с личного разрешения Заведующего Лабораторией.