Заполнение лабораторного журнала
Для заполнения лабораторного журнала Вам необходимо заполнить всех животных, затем заполнить все случаи, относящиеся к данному конкретному животному, и, наконец, ввести дополнительные параметры
Этому посвящена левая часть главной панели, которая выглядит следующим образом.
В списке Animals Вы можете видеть всех животных, которые потенциально могут участвовать в анализе данных.
Возможно, это - первое действие, которое Вам надо сделать для работы с данной программой. Для того, чтобы добавить новое животное, нажмите на кнопку New animal. Вы увидите следующую картинку:
Введите название животного, после чего нажмите на кнопку OK. Новое животное добавится к Вашим данным, о чём будет говорить появление его имени в списке сверху.
Для удаления животного выделите его в списке сверху, после чего нажмите на кнопку Delete animal. Животное будет удалено, а вместе с ним будут удалены все данные, относящиеся к этому животному.
Заполните следующие поля, касающиеся общих условий проведения эксперимента:
название животного, в случае, если оно не совпадает с названием папки.
Условия эксперимента, например, propofol, arduan
Область отведения. На начало 2020 года у Вас есть данные только по области V1/V2. Её и пишите в эксперименте.
После того, когда все данные по животному будут заполнены, нажмите на кнопку Save animal info для того, чтобы эти данные были сохранены на жёсткий диск.
Нажав на кнопку Animal filter Вы можете задать множество животных, которые будут участвовать в обработке данных. Откроется окно, в котором Вам также надо будет заполнить вышеперечисленные поля.
Правила включения животного в обработку данных следующее.
-
Если значение того или иного поля пусто, то в обработке участвуют животные с любым значением данного поля.
-
Если значение того или иного поля содержит те или иные данные, то в обработке участвуют только те животные, для которых данное поле содержит эти данные.
Пример заполнения:
На данном примере в анализ войдут все животные, где область отведения - V1/V2
Ещё один пример:
В данном случае в обработку войдут все кошки, у которых оптический сигнал отведён от областей V1/V2. (В названии животного присутствует буква c).
После того, когда Вы создали список животных, самое время создать список всех записей, относящихся к тому или иному животному.
Каждая запись отражает значения оптического сигнала в ответ на данный конкретный стимул, при определённых условиях. В ходе проведения эксперимента экспериментатор включает режим записи, после чего все значения оптического сигнала записываются на жёсткий диск. После завершения эксперимента, либо перехода к следующему стимулу или экспериментальному условию экспериментатор отключает режим записи.
В ходе таких манипуляций в процессе эксперимента создаётся набор файлов, содержащих различные части одной и той же записи. Такой набор файлов называется кортежем (или file train). Для обработки определённой экспериментальной записи необходимо наличие всех этих файлов. Отсутствие хотя бы одного из них делает дальнейшую обработку невозможной. Пример кортежа: T_1BF.0A00, T_1BF.0A01, T_1BF.0A02, T_1BF.0A03. Название этих файлов означает следующее: T - запись нативных данных, 1BF - идентификатор эксперимента, 0A - идентификатор экспериментальной записи, 00, 01, 02, 03 - номер части этой самой записи.
За работу с записями отвечает средняя панель Главного окна программы:
Список всех записей, с которыми Вы можете работать, изображён вверху.
Для этого Вам необходимо нажать на кнопку Import cases. После нажатия Вам будут доступны следующие опции:
Download from the external storage
Производится копирование данных с внешнего жесткого диска на Ваш компьютер. При этом уменьшается свободное пространство Вашего жесткого диска. Однако, при этом Вы можете обрабатывать Вашу запись вне зависимости от того, подключён ли Ваш внешний жесткий диск к компьютеру или нет.
Create external link
В этом случае создаются символические ссылки на все файлы кортежа. Это не ведет к уменьшению свободного пространства Вашего внутреннего жёсткого диска. Однако, при этом Вы не сможете обрабатывать нативные данные, не подсоединив Ваш внешний жесткий диск.
Выберите нужную опцию, после чего нажмите кнопку OK.
После нажатия на кнопку OK Вам откроется окно, в котором Вам необходимо будет выбрать кортежи, относящиеся ко всем добавляемым Вами записям.
- Выберите хотя бы один файл из кортежа. Все остальные файлы программа найдёт автоматически.
- Вы можете выбрать несколько файлов. Для выбора всех файлов от файла X до файла Y щёлкните по файлу X, затем зажмите клавишу Shift и щёлкните по файлу Y, после чего отпустите Shift. Если Вы хотите добавить файлы X, Y, Z, то зажмите клавишу Ctrl, последовательно щёлкните по каждому из файлов, после чего отпустите Ctrl. Для того, чтобы выделить все файлы, расположенные в данной папке, нажмите Ctrl-A. В случае выбора множества файлов к данному животному будут добавлены все кортежи, у которых хотя бы один из файлов, находящихся в их составе, выделен.
- Нет ничего страшного, если Вы выделите файлы, которые не содержат нативные данные: эти файлы будут проигнорированы в процессе импортирования.
Как только Вы закончите выбирать записи для добавления, нажмите OK.
Вам откроется окно, где будут перечислены все записи и указано, какая из записей может быть добавлена, а какая - нет. Нажмите на кнопку Import для начала процесса добавления записей. Напротив каждой записи расположено поясняющее сообщение:
Зелёное сообщение - запись уже добавлена и доступна для обработки.
Жёлтое сообщение - запись будет добавлена в будущем, но пока ещё не добавлена.
Красное сообщение - данные файл, либо данная запись не может быть добавлена по техническим причинам. Прилагается описание этой самой причины.
После того, когда все записи добавлены, Вы должны выбрать ту или иную запись в списке сверху. После этого в форме снизу заполните следующие поля.
Короткое имя записи. Как правило, частью имени её кортежа. Например, логично для записи, у которой кортеж состоит из файлов T_1BF.0A00, T_1BF.0A01, ... сделать короткое имя вида: 0A.
Содержит подробное описание записи
Содержит описание стимула, который был предъявлен в процессе записи.
Дополнительные условия эксперимента, например,
Bolus propofol 2 ml at 17th cycle
Отражает прочие условия, при которых проводился эксперимент
Отражает дополнительную информацию об эксперименте
После того, когда все данные будут заполнены, не забудьте нажать на кнопку Save case info для того, чтобы сохранить введённую Вами информацию. После того, когда Вы это сделаете, то в поле Case study в правой верхней части окна напротив Case info индикатор Not present сменится на Present. Это означает, что информация об этом случае присутствует в электронном лабораторном журнале. Только после этого Вы можете проводить с ним дальнейшую обработку: строить треки и усреднённые карты.
Если какой-либо добавленный Вами случай введён по ошибке, то выделите этот самый случай в списке вверху, после чего нажмите Delete case для того, чтобы его удалить.
Нажав на эту кнопку, Вы определяете, какие соучаи включены в обработку, а какие - нет. Правила заполнения соответствующей формы - такое же, как и для Animal filter
Для построения функциональных карт
Для построения карт колебаний
В правой части экрана в секции Case study существует опция In autoprocess and autocompress. Если она включена, то данный случай будет включён в обработку при условии, что он проходит и через Animal filter, и через Case filter. Если эта опция отключена, то тот или иной случай не будет включен в обработку никогда.