Общие методы обработки данных
В данном разделе рассказывается, что нужно делать уже после того, когда Вы построили треки, либо построили функциональные карты или карты колебаний.
Построенные треки, функциональные карты подвергают дальнейшей обработке. Для этого выделите тот или иной случай в списке Cases, после чего обратите внимание на секцию Case study в правой части программы.
В ней есть две подсекции - Trace list и Map list. Первая отвечает за работу с треками, а вторая - за работу с функциональными картами и картами колебаний. Напротив каждой из них есть кнопка Open list. Нажав на нее, Вы нее, Вы получите список всех обработанных данных (в первом случае - треков, во втором случае - карт). Этот список выглядит следующим образом.
В левой части окна находится список всех данных, которые Вы получили после обработки. В его правой части - какую дальнейшую обработку для этих данных Вы можете сделать.
Выделите обработанные данные в левом списке, после чего нажмите на кнопку View внизу. Вам откроется окно просмотра данных, которое будет выглядеть следующим образом:
В верхней части окна расположены графики, которые наглядно иллюстрируют результат обработки. В их нижней части- их количественные показатели, или свойства (Features). В процессе обработки данных внизу будут появляться все новые и новые свойства. Обрабатывайте данные до тех пор, пока не появятся нужные Вам свойства, после чего воспользуйтесь функцией Построения таблиц для того, чтобы эти самые свойства аккуратно занести в таблицы.
Если Вы построили тот или иной случай по ошибке, и он Вам больше не нужен, Вы можете его удалить. Для этого выделите его в окне слева и нажмите Delete.
Если Ваши данные являются промежуточными, и Вам необходимо их обрабатывать и далее, то выделите сначала данные для обработки в левом списке, потом тот или иной метод обработки - в правом списке, и после этого нажмите на кнопку Process. Далее в появившемся окне Вам необходимо заполнить нужные поля, после чего чего нажать кнопку OK для запуска процедуры обработки.
Все зависит от того, какой результат обработки Вы рассчитываете получить. Например, если Вы используете такой метод обработки как Trace filter или Map filter, то результатом являются отфильтрованные данные. Они сохраняются в отдельный файл, имя которого выглядит следующим образом:
c022_vaso01_tracefilt(tissue).mat
или так:
c023_ori0Ep2_mapfilt.npz
или вот так:
c025_vaso0A_oscmapfilt.png
Имя файла с результатами обработки всегда начинается с имени животного (c022, c023, c025), после которого идет символ подчеркивания (_). После символа подчеркивания идет краткое описание того, какого рода данные представлены в этом файле, или префикс имени (prefix).В данных примерах это: vaso, ori. После префикса идет название конкретной записи (01, 0E, 0A), и затем - постфикс имени, содержащий краткое выставленных параметров (например, p2). название животного, префикс имени, название случая, постфикс имени вместе образуют главное имя данных (major name). В этих примерах главным именем данных являются: c022_vaso01, c023_ori0Ep2, c025_vaso0A. После главного имени опять идет символ подчеркивания (_), после которого следует второстепенное имя, или minor name. Второстепенное имя отражает конкретную стадию обработки, которой эти данные соответствую. В данном примере второстепенными именами являются mapfilt, oscmapfilt и tracefilt(tussue). Всем треком, полученным непосредственно из нативных данных, присваивается второстепенное имя trace(name), где name - название ROI, с которой и были взяты треки. Всем функциональным картам, построенным из нативных данных - mapraw, а всем картам колебаний - oscmap. Однако если Вы подвергаете данные дальнейшей обработке, то результаты, полученные уже из этих обработанных данных, будут иметь не второстепенные имена, которые Вы им зададите.
После второстепенного имени стоит точка, после которой следует расширение файла. Оно указывает на то, в какой программе Вы можете этот файл открыть.
Рассмотрим параметры, которые Вам надо будет задать в большинстве случаев.
Minor name of the output map Соответствует второстепенному имени полученных данных.
Save to NPZ если Вы поставите эту отметку,то результирующие данные будут сохранены в формат NPZ. Такие данные могут быть открыты в программах Python, iPython, Jupyter Notebook, а также в настоящей программе.
Add to manifest не только сохраняет данные в формате NPZ, но также и добавляет их в левый список.
Save to MAT сохраняет данные в формате MAT. Вы можете затем открыть их в программах Matlab или Octave.
Save to PNG сохраняет графическое представление результатов в файл формата PNG, откуда затем Вы можете вставить сохраненные графики в постер или сделанную в Power Point презентацию.
Value key это поле Вы можете увидеть в том случае, если результатом обработки данных является некий численный показатель, а не обработанные карты или графики. Этот показатель станет неотъемлемым свойством (feature) карты, и когда Вы потом откроете, нажав на кнопку View, он будет размещен внизу.
Add to map features эту опцию Вы можете увидеть в том случае, если результатом обработки данных является некий численный показатель, а не обработанные карты или графики. Такой численный показатель не сохраняется в отдельный файл, а вместо этого добавляется в свойства карты (features). Включив эту опцию, Вы можете тем самым его добавить в свойства. Если Вы хотите его просто вывести на экран, не добавляя в свойства, отключите эту опцию.