Общий просмотр файлов и фреймов
В этой секции будет рассказано, как получить общую информацию по нативным данным, которая не требует их дальнейшей обработки. Эта информация может оказаться полезной для следующих случаев:
- оценка наличия или отсутствия оптического сигнала;
- установка ограничений самого метода;
- получение характеристик, которые недоступны в результате обработки нативных данных (например, физических размеров карты в микронах)
- проверка, соответствуют ли эти данные целям и задачам исследования;
- написание методики к статье.
Этот этап следует проводить не для всех данных, а только выборочно. Например, Вы можете просмотреть таким образом самую первую запись. Заметьте также, что общий анализ файлов и папок не требует декомпрессии данных: его можно проводить и на сжатых данных.
Для общего анализа файлов и фреймов откройте Главное окно программы, выделите нужный случай в поле Cases, после чего напротив поля Native data нажмите на кнопку Open data manager. Вам откроется менеджер данных, который выглядит следующим образом.
Окно "Менеджера нативных данных" поделено на две части. Левая часть содержит общую информацию о записи, которая была извлечена из хедера (заголовка) файла. Правая часть содержит кнопки, соответствующие операциям, которые можно выполнять с этим самым файлом.
Содержит общие характеристики той или иной записи. Вся информация здесь относится к данным в их исходном виде, даже, если Вы просматриваете данные в сжатом виде.
Исследуемая запись не представляет собой один конкретный файл. Вместо этого она представляет собой набор (или кортеж) файлов, каждый из которых содержит ли часть этой записи.
Фрейм - это изображение мозга, сделанное в определённый момент времени. В ходе эксперимента в последовательные моменты были сделаны различные фреймы. Их общее число за всю запись и отображено в этом поле
Ширина и высота одного фрейма в пикселях. При построении карт это будет соответствовать размерам одной карты в пикселях
Размер тела одного фрейма в байтах. Тело фрейма содержит то или иное изображение, соответствующее самому фрейму.
Размер заголовка фрейма в байтах. Каждый фрейм, помимо изображения коры, содержит дополнительную информацию, которая "привязана к тому или иному моменту времени. Она и содержится в заголовке фрейма
Сколько всего занимает один фрейм на диске
Сколько занимает хедер файла на диске Хедер файла содержит информацию, которая не относится ни к одному из фреймов (например, общие параметры эксперимента, частота дискретизации и пр.).
Описание протокола стимуляции
continuous - метод непрерывной стимуляции. при котором параметры стимула меняются плавно и медленно. Например, это может быть медленно вращающаяся решётка, медленно расширяющееся кольцо и пр. В этом случае и получение данных, и их последующая обработка будут проходить согласно методу, предложенному В. Калатским и М. Страйкером
episodic - метод "эпизодической стимуляции, при которой сначала животному предъявляется фон, потом вспыхивает стимул на определённое время, после чего стимул гаснет. В процессе предъявления стимула его параметр (будь то ориентация или направление движения решётки, радиус кольца и пр.) остается неизменным, он выбирается случайным образом.
Дата и время записи
Должны совпадать с аналогичными значениями из лабораторного журнала
Название аккаунта, с которого производилась обработка сигнала
Номер животного Должно совпадать с записями из лабораторного журнала
Размер одного пикселя в байтах
Если в процессе эксперимента была установлена ROI, её данные приведены в этих полях. Эти данные отражают так называемые "аппаратные ROI", которые были созданы и применены в процессе эксперимента. Они не имеют отношения к "программным ROI", которые могут быть созданы и применены в программе IMAN.
В просматриваемую Вами запись в процессе эксперимента шли не индивидуальные "аппаратные" фреймы, а усреднённые фреймы по нескольким аппаратным фреймам. Этот процесс называется аппаратной временной субдискретизацией. Общее количество "аппаратных" фреймов, участвовавших в усреднении в процессе эксперимента, указано здесь.
Значение этого параметра необходимо включить в раздел Методика
В процессе эксперимента были получены фреймы с очень высоким разрешением. Поскольку это разрешение не имеет смысла, то в целях экономии пространства на жёстком диске, это разрешение уменьшается: несколько пикселей в конкретном фрейме объединяются в группу, вычисляется среднее значение оптического сигнала в этой самой группе, после чего данное среднее значение отражается в виде значения пикселя результирующего фрейма (того самого, что будет записан на жёсткий диск). Такой процесс носит название аппаратной пространственной субдискретизации. Размер указанной группы по горизонтали и по вертикали и отражёт в этом поле.
Значение этого параметра необходимо включить в раздел Методика
Средняя длина волны источника света, которым освещалась кора. Эксперимент проходил в полной темноте, кора освещалась определённым источником красного света, этот свет отражался от поверхности коры, после чего при помощи CCD-камеры регистрировался отражённый свет.
Значение этого параметра необходимо включить в раздел Методика
Характеризует спектральную ширину источника света
** Значение этого параметра необходимо включить в раздел Методика**
Эта вкладка присутствует только, если имеются данные в сжатом виде. Если таких данных нет, то Вы её не увидите.
Экстрапикселями называются все те пиксели, которые по тем или иным причинам не удалось сжать. Если пиксель удалось сжать, то он является сжатым пикселем. Данное поле показывает размер одного экстрапикселя в байтах.
Отражает размер одного фрейма в сжатом виде, без учёта размеров всех экстрапикселей. Должен быть в два раза меньше, чем размер фрейма в исходном виде.
На этой вкладке приведены характеристики экспериментальной установки и зарегистрированных ею фреймов
Название камеры
Стоит включить это в методику статьи
Пространственное разрешение одного фрейма, полученного с камеры, но не подвергнутого аппаратной пространственной субдискретизации.
Должно быть включено в раздел Методика
Примерный размер одного пикселя в мкм. Речь идёт именно о пикселях, полученных уже после проведения аппаратной пространственной субдискретизации.
Размер одного фрейма в мкм.
Должно учитываться при размещении пространственной шкалы к тем картам, которые Вы хотите поместить на постер или в статью
Время, в течение которого производилось накопление сигнала.
Должно быть включено в методику
Примерное время, прошедшее между регистрациями двух последовательных фреймов. Данный параметр носит чисто информативный характер и не должен учитываться при обработке данных.
Указывается время между двумя фреймами до процесса аппаратной временной субдискретизации.
Отражает фокус линз, используемых в установке
Данная вкладка отражает общие характеристики зрительного стимула.
Каналы синхронизации - это специальные каналы, с помощью которых осуществлялось взаимодействие между стимулирующим компьютером и модулей регистрации оптического сигнала. Это значение необходимо для того, чтобы регистрировалось не только значение оптического сигнала, но и конкретный зрительный стимул, соответствовавший этому самому сигналу, его значение в момент регистрации того или иного фрейма. Этот параметр содержит общее количество синхронизирующих сигналов.
Максимальное значение для того или иного канала синхронизации
Количество каналов на синхронизации, на которые был подан стимул
Период стимула в мс.
Не этой вкладке отображается общий размер данных в исходном, незаархивированном виде.
В правой части окна Native Data Manager есть кнопка Frame View, нажав на которую, Вы можете узнать данные по конкретно взятому фрейму. Вы увидите следующее окно:
В данном случае она содержит информацию по самому первому фрейму (он имеет номер, равный нулю).
Для этого используйте навигационную панель, расположенную внизу от изображения фрейма. Там Вы найдёте следующие кнопки:
<< переходит на самый первый фрейм < переходит на предыдущий фрейм Frame # ... Намите на эту кнопку, в появившемся окне введите номер фрейма, на который Вы хотите перейти, после чего нажмите OK. Вы перейдёте именно на этот фрейм. > переходит на следующий фрейм >> переходит в конец
В случае, если Вы просматриваете данные в сжатом виде, то все фреймы, кроме самого первого (с номером 0) недоступны для просмотра, а значит, навигационная панель неактивна.
Справа от изображения фрейма находится дополнительная информация о том или ином фрейме, которая была вынесена в его хедер.
Номер фрейма до аппаратной временной субдискретизации
Номер фрейма после аппаратной временной субдискретизации
Время относительно начала записи, в которое данный фрейм был зарегистрирован
Примерное время задержки
Значение синхронизационного сигнала в тот момент времени, когда данный фрейм был зарегистрирован