DU-Bii - modules 4 & 5 - Production de données, Méthodes et outils bioinformatiques pour l'analyse des données à haut débit

Responsables des Modules 4 & 5

• Bertrand Cosson - Université Paris-Diderot - bertrand.cosson@univ-paris-diderot.fr
• Valent Loux - INRAE - valentin.loux@inrae.fr
• Olivier Kirsh - Université Paris-Diderot - olivier.kirsh@univ-paris-diderot.fr
• Olivier Rué - INRAE - olivier.rue@inrae.fr

Intervenants

• Claude Thermes - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule - Claude.THERMES@i2bc.paris-saclay.fr
• Olivier Rué - INRAE - olivier.rue@inra.fr
• Valentin Loux - INRAE - valentin.loux@inrae.fr
• Cédric Midoux - INRAE - cedric.midoux@inrae.fr
• Marc Deloger - Institut Gustave Roussy - marc.deloger@gustaveroussy.fr
• Nicolas Servant - Institut Curie - nicolas.servant@curie.fr
• Mélanie Petera - INRAE - melanie.petera@inrae.fr
• Binta Dieme - Université Clermont d’Auvergne (UCA) - binta.dieme@uca.fr
• Thibaut Léger - Institut Jacques Monod - thibaut.leger@ijm.fr
• Matthias Zytnicki - INRAE - matthias.zytnicki@inrae.fr

Synopsis

• Introduction [html]

Séance 1 - First steps with NGS data

• Date : 8 mars 2021
• Horaires : 10h00 - 13h00 ; 14h30 - 17h30
• Intervenants : Claude Thermes, Olivier Rué et Valentin Loux
• Titre : First steps with NGS data

Supports	Formats
INTRODUCTION AU SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT POUR LA GÉNOMIQUE 1	[pdf]
First steps with NGS data	[html]
TP	[html]

Séance 2 - Protéomique

• Date : 10 mars 2021
• Horaires : 9h30 - 12h30
• Intervenants : Thibaut Léger
• Titre : Production of omics data: Proteomics

Supports	Formats
Production of omics data: Proteomics	[pdf]
TD module production de données omics – protéomique	[pdf]
DATA	[MGF-test-Mascot.txt] [gene_association.cgd] [280520-Candida-albicans-protein-measurements-label-free.xlsx]

Séance 3 - Bonnes pratiques

• Date : 10 mars 2021
• Horaires : 14h30 - 17h30
• Intervenants : Valentin Loux, Olivier Rué, Cédric Midoux
• Titre : Bonnes pratiques en bioinformatique : (essayer) d'aller vers plus de reproductibilité

Supports	Formats
Bonnes pratiques en bioinformatique : (essayer) d'aller vers plus de reproductibilité	[html]
TP	[html]

Séance 4 - Metabolomics

• Date : 22 mars 2021
• Horaires : 10h00 - 13h00 ; 14h00 - 16h30
• Intervenants : Mélanie Pétéra, Binta Diémé
• Titre : Metabolomics

Pré-requis :

Notions générales de métabolomique :

• Avoir suivi des vidéos introductives du MOOC FUN Métabololique. Ce MOCC est accessible librement (après inscription) le temps de la crise sanitaire. Suivre les vidéos S1C1 (semaine 1 cours 1) , S1C3, S1C4 et S3C6. Si vous ne souhaitez pas vous inscire, vous pouvez télécharger directement les vidéos à cette adresse

Temps estimé : 40 minutes.

Partie pratique :

• L'ensemble des TPs de cours auront lieu sous l'instance Galaxy workflow4metabolomics de usegalaxy.fr

Nous vous demandons de :

• Créer un compte sur l'instance Galaxy (menu Authentification et Enregistrement). Pour les académiques, vous devriez pouvoir utiliser le bouton "Elixir login" avec vos authentifiants institutionnels. Pour les non-académiques vous pouvez utiliser le lien "Don't have an account? Register here." sur cette même page.

• Pour ceux n'ayant jamais utilisé Galaxy, suivre le tutoriel A short introduction to Galaxy

• Faire les premieres étapes du tutoriel Mass spectrometry: LC-MS analysis jusqu'à la partie "1.2. Data preparation for XCMS: MSnbase readMSData" comprise. C'est ce tutoriel qui sera suivi en TP.

Temps estimé : 30mn à 1h.

A l'issu de ces activités préparatoires, vous aurez :

• des notions de bases en métabolomique
• Créé votre compte sur l'instance Galaxy usegalaxy.fr , fait vos premiers pas sous Galaxy.

En cas de blocage ou de question, n'hésitez pas à partager vos questions sur le channel help de Slack.

Supports	Formats
Cours	[pdf]
Lien exerice conversion de fichiers	[zip]
Présentation Workflow4metabolomics	[pdf]
Support Galaxy Training	[pdf]

Séance 5 - Transcriptomics

📝 https://jupyterhub.poc-nncr-ifb.fr/

📝 ssh -XY login@hpc.poc-nncr-ifb.fr

• Date : 24 mars 2021
• Horaires : 10h00 - 13h00 ; 14h30 - 17h30
• Intervenants : Nicolas Servant et Marc Deloger
• Titre : RNAseq data analysis

Supports	Formats
State of the art	[pdf]
Oxford nanopore Technology How It Works	[mp4]
Pacific BiosScience How It Works	[mp4]
RNAseq processing	[pdf] [html]
what2do_with_count_table_diffan	[pdf] [html]
tablecounts_raw.csv	[csv]
tablecounts_raw_ensembl.csv	[csv]
tablecounts_tpm.csv	[csv]
SAMPLE_PLAN	[txt]

Séance 6 - Croisement de données

• Date : 25 mars 2021
• Horaires : 13h30 - 16h30
• Intervenants : Olivier Rué et Matthias Zytnicki
• Titre : Croisement de données

Supports	Formats
Slides	[html]
TP	[html]