xml test fix

[rasputinkirill]

No description provided.

[yalgaer]

В сценарии к багу указан именно sam файл из samples.
Зачем мы его меням на BAM?

[rasputinkirill]

Этот тест предполагает завершение работы wd схемы с ошибкой. По каким то причинам схема проходила нормально. Поменял входной файл на котором воспроизводится проблема на файл из тестового репозитория, а не из пакета релиза - стало хорошо.

[DmitriiSukhomlinov]

Раз уж мы здесь собрались - задача UGENE-6802 выполнена неверно. Баг возникал из-за того, что у вполне корректной сборки, которая прекрасно открывается в UGENE и имеет реальную длину, во время экспорта покрытия через WD длина оказывалась равной нулю. В качестве решения SAFE_POINT просто заменили на CHECK. Как результат - SAFE_POINT'а больше нет, но описанная функция (экспорт покрытия через Workflow Designer) не работает и, в итоге, выдает пустой файл, хотя при экспорте через Assembly Browser файл получается вполне корректный. Правильным решением было бы разобраться, почему в том конкретном моменте длина оказывается равной нулю и исправить это - что, как вы можете заметить, на порядок сложнее, чем просто заменить SAFE_POINT на CHECK.

Хорошая новость в том, что во время обновления Samtools я разобрался в этом механизме, исправил его и вернул SAFE_POINT туда, где он должен быть - теперь там выдается положительная длина и он не триггертся. Данный же тест я удалил за некорректностью. В связи с этим, я бы попросил его не трогать во избежание конфликтов слияния, которые будут требовать от меня полной пересборки и, как следствие отодвигания на один день моей и без того масштабной задачи.

[yalgaer]

Тест который является реальным сценарием для регрессии удалять не нужно, нужно исправить его и проверять правильный ожидаемый результат

[rasputinkirill]

Я проверил изначальный тест на своей машине, на линуксе ugene-quad-ubuntu, посмотрел файлы с результатами запуска xml тестов на ugene-cuda где гоняются xml тесты.
И не смог понять почему на первых двух все отлично, а там плохо. Поэтому решил переписать тест с немного другим файлом и его местоположением, новый файл подходит для тестирования исправленной в задаче проблемы. Других идей у меня нет.

[DmitriiSukhomlinov]

Я проверил изначальный тест на своей машине, на линуксе ugene-quad-ubuntu, посмотрел файлы с результатами запуска xml тестов на ugene-cuda где гоняются xml тесты. И не смог понять почему на первых двух все отлично, а там плохо. Поэтому решил переписать тест с немного другим файлом и его местоположением, новый файл подходит для тестирования исправленной в задаче проблемы. Других идей у меня нет.

Изменение формата входного файла с SAM на BAM в принципе ломает исходный сценарий. Проблема возникает в SAM файле, в котором отсутствует заголовок (что вполне может быть, SAM'ы без заголовка часто встречаются) - т.к. в именно в заголовке указана длина последоваетльности. В BAM же файле заголовок есть всегда, поэтому там в принципе эта проблема не воспроизведется.

[DmitriiSukhomlinov]

Тест который является реальным сценарием для регрессии удалять не нужно, нужно исправить его и проверять правильный ожидаемый результат

Окей, логично, я поправлю в своей задаче

[yalgaer]

Закрываю как неактивную. Переоткрой, пожалуйста как будут изменения.