RMarkdownを使った論文執筆環境

構成

論文の各章をファイルに分割し、chunk optionのclildを使ってそれぞれ呼び出す。 このリポジトリのデモファイルでは、article.Rmdというファイルで論文全体を管理し、 01_introduction.Rmd、02_methods.Rmdなどのファイルで個々の章の中身を書く、下記のような構成を想定している。

- 01_introduction.Rmd
- 02_methods.Rmd
- 03_results.Rmd
- 04_discussion.Rmd
- article.Rproj
- README.md
- reference.bib

docker

ramoraイメージではRefManageRパッケージを含め、本リポジトリ構成での執筆環境を整備している。

docker pull uribo/ramora
docker run --rm -p 8787:8787 uribo/ramora

文献管理

RefManageRを通して行う。

日本語版

本文に日本語を使う場合、IPAexフォントをダウンロードして、

---
title: "Draft"
# header-includes:
# - \setmainfont{IPAexMincho}
# - \setsansfont{IPAexGothic}
output: 
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    keep_tex: no
---

の3行のコメントアウトを外すこと。