Ensimmäiset Rmarkdown - dokumentit. Vain Rmd- ja nb.html-tiedostot.
Luonnos ensimmäiseksi luvuksi (alkuosaa), indexG1.PDF ja indexG1.html.
Uudet versiot, html-tiedosto on mukavampi lukea, sillä koodi on oletuksena piilotettu.
Koodia on helpompi ja turvallisempaa muokkailla täällä ja siirtää vasta sitten capaper- projektiin. Ainakin aluksi, bookdown ei ole ihan helppo ympäristö, jos haluaa vain testailla r-koodia.
4.8.2018
kaavat1.Rmd - lisättiin muutama matriisiyhtälö. Drawmatrix-pakettia (LaTeX) ei ole vielä kokeilu bookdown-ympäristössä.
6.8.2018
Drawmatrix ei toiminut. Palataan asiaan, jos on tarve. Tägätään versioksi 1, ja tehdään dev-haara siistimistä varten.
6.8.2019
Järjestellään tekstipätkiä.
7.8.2018
Lisättiin gitignore-tiedosto.
Data-osuus editoitu, versio 1.02.
10.8.2018 hieman lisää korjailuja data-osuuteen, versio 1.03. Editoitiin lukuun 3 asti, versio 1.04.
4.9.2018 versio 1.1 Viimeisimmät korjailut ja hieman poistoja. Historia jää näkyviin. Kaikkia yksinkertaisen CA:n kuvia ja taulukoita ei muutettu "bookdown-muotoon". Lisättiin 5.9. html-tulosteen indexG1.html lisäksi indexG1.pdf, vanhat versiot ark-hakemistossa.
19.9.2018 Versio 1.2 työn alla. Kokeillaan Githubin windows-klientillä dev-haaran päivitystä ("update from default branch" pudotusvalikosta).
18.9.2018: riviprofiilikuva, pari uutta karttaa (Saksan ja Belgian jako). 19.9.2018: Lisättiin uusi versio jäsennyksestä (ca_jasennysJH190918.pdf), ja galku-tuloste indexG1.pdf.
19.9.2018 Korvattu mutkikas if-lause case_when-lauseella, ikä-sukupuoli-vuorovaikutusmuuttuja, ikä-sukupuoli-maa - muuuttuja. Kaksi karttaa lisätty. Kartoista myös pdf-versiot Galku-img - hakemistoon.
20.9.2018 Jätetään pinotut ja liitetyt taulut seuraavaan versioon. Laajempi data kannattaa ottaa käyttöön tässä, johdattelee MCA-teemoihin. Tägätään versio 1.2.
25.9.2018 Jätetään SPSS-tiedoston puuttuvien vastausten tarkempi koodaus (haven-paketin read_spps-funktion user_na = TRUE - parametri) pois. Perustelu: tätä ei aiota tarkemmin analysoida. Maiden välillä on näissä puuttuvien tietojen tarkemmassa koodauksessa myös usein eroja. Muutettiin vastausvaihtoehtojen labelit (S,s,?, e, E). Siistittiin koodia datan alkukäsittelyssä. Pudotetaan Espanja pois isommasta datasta, mutta pidetään toistaiseksi Unkari.
26.9.2018 Jatkettiin siivoilua, yksi rmd-tiedosto lisää viimeiseksi osaksi. R-datan eri analyyseissä käytettäviä tiedostoja muutama lisää r-koodiin. Tarpeetonta koodia (esim. ikä-sp - vuorovaikutusmuuttujan erilaiset luontiskriptit) pois.
1.10.2018 Versio 1.3, ikä-sukupuoli-maa - luokittelumuuttuja ja maakeskiarvot täydentävinä pisteinä. Kuvien yksityiskohdissa on vielä korjailtavaa (labeleiden etäisyys pisteistä jne.). Tägätään versio 1.2 -> 1.3.
3.10.2018 Siistitään versio 1.3 versioksi 1.4. Datan rajaaminen ja käsittely R-koodissa, tiedostojen nimeäminen, maiden ja muuttujien valinnat (kaksi aineistoa, iso ja pieni). Poistetaan turhia ja pitkiä muuttuja- yms. listauksia.
9.10.2018 Datan ja muuttujien valinta tehty. Espanja ja Iso-Britannia pois isosta aineistosta, briteiltä puuttuu tieto TOPBOT (oma arvio asemasta yhteiskunnan hierarkiassa) ja haluan aineistoon yhden sosioekonomisen muuttujan. Espanjan vastausvaihtoehdot poikkeavat substanssikysymyksissä.
10.10.2018 Myös USA pois, koska TOPBOT-muuttuja puuttuu. Data-luvussa taulukoitu kaikki 15 muuttujaa maittain, puuttuneisuuden arvioimiseksi. Nämä taulukot siirretään siihen lukuu, jossa aineistoa laajennettaan. Tarkistettu yksinkertaisen esimerkin koodi, faktoroinneissa luodaan aina uusi muuttuja. Vanhaan jäävät metatiedot talteen. Versio 1.4 alkaa olla valmis.
11.10.2018 Versio 1.4
11.10.2018 Aloitetaan dev-haarassa versio 1.5 . Siistitään tekstiä, siirretään laajemman aineiston puuttuvien havaintojen kuvailu sinne missä data otetaan käyttöön.
11.10.2018 Kysymyksiä taulukoina ja kyselylomakkeen kuva. Laajemman muuttujajoukon koodia ei vielä siirrettu "pinotut taulut" - jaksoon.
13.10.2018 Kaksi substanssimuuttujaa (V12, V13) mukaan, muuttujataulukoiden hiomista, tekstin ja koodin siistimistä.
5.12.2018 Versio 1.5 masteriin, ja uusi dev-haara. Muokataan versioksi 1.5.1
27.12.2018 Aloitetaan versio 1.5.1 .
23.3.2019 Pieniä lisäyksiä ja korjauksia (kaava-dokkari, jotain muita). Pikku editointeja datan valintaan. 23.3.2019 Johdattelevan esimerkin data, testaillaan faktorointia.
25.5.2019 Versio 1.5.1 masteriin ja dev-haaraan uusi versio 1.5.2. Paljon pieniä muutoksia, ei suurempia.
5.6.2019 Aloitetaan dev-haarassa versio 1.5.2 ( ei vielä tägätty)
7.6.2019 Koko aineiston puuttuneisuuden taulukointikokeiluja
30.1.2020 Aloitettiin siistiminen ja editointi. Versio 1.5.2, treeni2-projekin datan luku, uusien muuttujien (R-faktorit) luonti ja muunnokset toimivat.
31.1.2020 Versio 1.5.3 Uudet faktoroinnit ja datan luontiskriptit toimivat. Johdatteleva esimerkki G1_2_johdesim.Rmd toimii ensimmäiseen CA-karttaan asti. HTML-tulostus toimii vain G1_1_data2.Rmd - tiedostolla (knit to html). Muut kolme voi ajaa RStudion Run all - komennolla.
1.2.2020 Versio 1.5.4 html-tulostus (knit to html RStudiossa) toimii, neljä ensimmäistä Rmd-tiedostoa ajetaan indexG1.html - tiedostoksi. Muut Rmd-tiedostot on disaploitu index.Rmd - tiedostossa.
Versio 1.5.5 - G1_3_tulk1.Rmd toimii, html-tiedosto syntyy. CA-kuvat kääntyvät x-akselin ympäri (180 astetta), ja profiikuvissa maiden tunnukset ovat selvästi väärin. Uudessa datassa maa-faktorin järjestys on muuttunut, ja kuvat tehdään "käsityönä" CA-tulosobjenktin (SimpleCA1) tiedoista. Pieleen menee!
Testattu, järjestys pitää muuttaa maa-faktorilla samaksi kuin alkuperäisellä C_ALPHAN - muuttujalla. Tämä korjaa pulmat, havainnollistettu testiaineistolla, ei vielä korjattu.
4.2.2020 Versio 1.5.6 Galkun html- ja pdf-tulostus toimivat. Editoidaan hieman siistimmäksi, mutta ei turhaan hiota. Poistetaan tarpeetonta tekstiä, vanha koodi voi jäädä.
6.2.2020 Kommentoitu pois osa tarkistustaulukoista.
24.2.2020 Versio 1.5.7 Pieniä ja isompia korjailuja, siistimistä ja vanhan koodin (koodilohkojen) asetuksia passiivisiksi (eval=FALSE, include=FALSE).
30.3.2020 Asetettiin karttatulostuksen koodilohkoissa fig.asp=1 ja out.width=90%. Koodilohkon fig.cap tekee kuvasta "kelluvan", voi tulla pulmia plot-komennon kuvatekstien kanssa. Tätä hiotaan myöhemmin. Poistettiin tulosteesta testikuvia (C_ALPHAN - merkkijonomuuttujan faktoroinnin sivuvaikutukset, kun järjestys muuttu). Esimerkit ovat koodissa tallessa.
8.4.2020 Pientä editointia. Lisäsin ISSP-dokumentteihin dokkarin lomakkeen laadinnasta. Vakiomassa - ca:n kokeiluja, mikä kelpaa ca-funktiolle dataksi.
9.4.2020 CAcalc_1.R - laskentaa ca-tuloksilla.
3.5.2020 Karttojen parantelua, editointia. Muutamia kommentteja tekstiin.
4.5.2020 Karttojen parantelua, pistekoon säätämistä (par(cex=)), diagnosiikkaa ikä-sukupuoli-maa - ca-tuloksilla (laatu, massa ja kontribuutiot).
28.5.2020 Editointia, kuvien säätämistä.
8.6.2020 Testattu alustavasti toiminta dplyr 1.0.0 - versiolla, näyttäisi toimivan. CAcalc_1.R - skriptissä janoja kartan pisteiden välille.
11.6.2020 Kuvien parantelua, maaga-kuvat pdf-tiedostoina ja koodi CAcalc_1.R- skriptissä. Hieman tekstiä johdattelevan esimerkin asymmetriseen kuvaan.
14.6.2020 Maa-sukupuoli-ikä - karttojen kehittelyä.
12.8.2020 Siistittiin tekstiä. Testattiin ca-paketin caconv- ja cacoord-funktioita. Hiottiin maaga-kuvia valmiiksi (CAcalc_1.R).
5.9.2020 Pientä editointia, lisättiin riviprofiili-ca:n ja perus-ca:n khii2-etäisyyksien ja massojen vertailuja.
6.9.2020 Versio 1.5.8 - kevään ja kesän muutokset.
7.9.2020 Uusi R-skripti Subset_ca1.R, kehitelty osajoukko-CA:n kuvia G1_4_CAlaaj1.Rmd - skriptin maa-sukupuoli-ikäluokka - muuttujan kartoille.
8.9.2020 Subset_ca1.R: lisää subsetca - karttoja eri optioilla. Asymmetrinen "rowgreen" näyttäisi toimivan parhaiten.
9.9.2020 Jatkettiin subsetca- kuvine ja BaseR-plot - funktion avulla "zoomattujen" kuvien kehitttelyä. Pilkotaan liian pitkät Rmd-tiedostot pienemmiksi, ensimmäisenä G1_4_CAlaaj1.Rmd, loppuosa on nyt G1_4_CAlaaj2.Rmd ja subset CA on G1_4_CAlaaj1.Rmd.
15.9.2020 Hiottiin kuvia ja tauloukoita, lisättiin Powerpointilla käsitelty asymmetrinen kartta (2 kpl). Siistimistä ja editointia.
16.9.2020 Siistittiin Galkua, aika maltillisesti poistoja. Lisättiin yhteen maaga-kuvaan rivipisteitä yhdistäviä janaoja. Tägätään piakkoin versioon 1.5.9., lisätään pinotut taulut yksinkertaisella esimerkkidatalla. 18.9.2020 Lisää maaga-kuvia, maapisteiden yhdistelyä.
20.9.2020 Pientä editointia, Burt_1.R - skriptissä pinottu taulukko.
21.9.2020 Ensimmäinen pinottu taulu Burt_1.R-skriptissä.
7.10.2020 Editointia, muunnsten testaus G1_data_fct1.Rmd - tiedostoon.
10.10.2020 Editoidaan kolmea ensimmäistä Rmd-tiedostoa. Koodilohkon kuva-otsikko ja plot-komennon otsikko, kumpi tulostuu? Ensimmäiset MCA-kokeilut, ja ison aineiston puuttuneisuuden kuvailua lyhyesti. Puuttuvia tietoja ei kuvailla tarkemmin, viitataan ISSP-dokumentteihin.
13.10.2020 MCA1.R - skriptissä kehitelty MCA-kuvia.
17.10.2020 MCA-datan luonti, lisätty pinotun taulun kuva, editoitu tekstipätkiä. MCA-karttoja viimeisessä Rmd-skriptissä, koko aineistolla ja osajoukko-MCA ilman puuttuvia vastauskategorioita.
19.10.2020 Lisätään muutama MCA-kartta, versio 1.5.9 20.10.2020 Versio 1.6.0 En saanut mjca-funktiossa toimimaan yhtä aikaa subsetcat- ja supcol - parametreja. Analyysissä on vain todettu puuttuvien tietojen iso vaikutus ja esitetty kysymysmuuttujien osajoukko - MCA ilman puuttuvia tietoja.
21.10.2020
MCA-analyysit (substanssimuuttujat, taustamuuttujat täydentävinä, osajoukko-ca havainnoille joilla ei puuttuvia tietoja) voi tehdä myös Burtin matriisin avulla. (Correspondence analysis in Practice, Appendix B: Computation of Correspondence Analysis, s. 271 pinotut taulut ja 276 subset MCA).
21.10.2020
Pikku muutoksia. Profiilikuvien labelit ja akselien nimet kuntoon.
22.10.2020 Käännetään koordinaatisto Bulgarian ja Unkarin maaga-subset - kuvassa.
23.10.2020 Kappale tekstiä ikäluokista ja kohorteista.
25.10.2020 Raporttien järjestelyä.
26.10.2020 Korjailtiin kirjoitusvirheitä, 6.11.2020 samoin.
6.11.2020 Kaavat1-Galku.Rmd - muokkausta.
14.11.2020 Korjasin täydentävien rivipisteiden (Saksa, Belgia) koodia, kun rivit lisätään taulukkoon (jakso täydentävistä pisteistä).