Programme permettant de générer une représentation structure des GHT : Groupements hospitaliers de territoire
Le programme fait suite aux articles :
La source des données provient de :
- la liste des établissements formant les GHT : Source ministère de la santé
- des données complémentaires fournies par la DRESS en open data sur data.gouv.fr
Le programme srcdata.py permet de télécharger ces fichiers automatique :
- via le lien direct sur le fichier XSLX du ministère (qui ne changera pas)
- via l'API de data.gouv.fr pour retrouver la dernière version du fichier finess
L'option -h permet de connaitre les différentes options disponibles :
➜ ght-opendata git:(master) python generator.py -h
usage: generator.py [-h] [--code CODE] [--list] [--dgosfile DGOSFILE]
[--finessfile FINESSFILE] [--outputdir OUTPUTDIR]
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--code CODE code GHT en particulier : CODE (voir --list pour avoir
la liste). La valeur all permet de générer tous les
codes
--list Liste les codes GHT
--dgosfile DGOSFILE Fichier du ministère, donnant la liste des GHT
--finessfile FINESSFILE
Fichier Finess des établissements
--outputdir OUTPUTDIR
Repertoire de destination des fichiers générés
Les codes disponibles sont issus du fichier du ministère. Pour en connaitre la liste, il suffit de faire
➜ ght-opendata git:(master) python generator.py --list
MAR-01 : centre sud
ARA-01 : territoire d'auvergne
ARA-02 : Savoie Belley
ARA-03 : Bresse Haut-Bugey
ARA-04 : Cantal
ARA-05 : Alpes Dauphiné
.../...
Il suffit de passer le code en paramètre
➜ ght-opendata git:(master) python generator.py --code PACA-04 --outputdir output
Generation GHT PACA-04
Le programme validate_xml.sh permet de valider chaque document XML produit par rapport à son schéma XSD.
Les schémas XSD sont disponibles sur le site HL7 FHIR, rubrique formats.
En spécifiant la localisation du schéma XSD et le répertoire qui contient les fichiers XML, le programme va analyser chaque document fournir un statut de validation.
- arg1 : fichier XSD
- arg2 : répertoire contenant les XML
sh validate_xml.sh /Users/fred/dev/xsd/fhir-18sept/fhir-single.xsd output
output/ARA-01.xml validates
output/ARA-02.xml validates
output/ARA-03.xml validates
.../...
output/PDL-03.xml validates
output/PDL-04.xml validates
output/PDL-05.xml validates
Total 135 : OK=135 / KO=0
La validation utilise le programme xmllint.
Il suffit de constuire le container
$ docker build -t ght .
Créer un répertoire 'files' qui contient les fichiers téléchargés
mkdir files
Puis d'exécuter un bash
docker run -it -v "$PWD":/opt ght /bin/bash
Et de lancer le programme de génération ou de téléchargement des données sources
$ # Telechargement des donnnees
$ python srcdata.py
Telechargement : https://static.data.gouv.fr/resources/finess-extraction-du-fichier-des-etablissements/20181011-114801/etalab-cs1100507-stock-20181011-0450.csv -> files/etalab-cs1100507-stock-20181011-0450.csv
Telechargement : https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/xlsx/dgos_ght_liste_2017_10_31.xlsx -> files/dgos_ght_liste_2017_10_31.xlsx
$ # Generation du bundle pour le GHT PDL-04
$ python generator.py --code PDL-04
Generation GHT PDL-04
La validation peut se faire avec les fichiers XSD de FHIR.
Les schemas sont disponibles sur la page Downloads et le zip contenant les schémas XSD est fhir-all-xsd.zip qu'il suffit de dézipper dans le répertoire xsd par exemple. Ensuite, en donnant le nom du fichier XSD global et le répertoire des fichiers générés, la validation peut se faire :
$ # Validation des documents XML produits
$ ./validate_xml.sh xsd/fhir-all-xsd/fhir-all.xsd output/
output//PDL-04.xml validates
Total 1 : OK=1 / KO=0