Repositório do site Observatório Covid-19 BR.
Aqui você encontra os códigos para calcular as projeções e gerar os gráficos, assim como os dados usados. Se for alterar qualquer coisa no repositório, siga o tutorial abaixo.
Pré-requisitos
Instalação do R 3.6.3 e RStudio
Instalação das bibliotecas em R
Como baixar e executar
Criando novos gráficos
Atualizando e criando novas páginas em html
Para rodar o programa, primeiro, clone o repositório em seu computador com git clone. Em seguida, serão necessárias instalações para que o programa compile.
Provavelmente você vai precisar instalar:
- A versão 3.6.3 (atual) do R
- Rstudio
- Bibliotecas de R
Tutoriais e links estão disponíveis a seguir.
Instruções de instalação do R podem ser encontradas aqui. É necessária a versão mais recente do R para executar o código. Se ja possui o R, verifique a versão com o comando
$ R --versionE atualize o R.
Para instalar o Rstudio, primeiro, entre aqui e baixe o Rstudio Desktop
Outras instruções caso a instalação não funcione
A instalação da maioria das bibliotecas se resolve com install.packages("package_name"), em R.Para instalar todas as bibliotecas necessárias, execute o arquivo "./_src/install_packages.R". São as bibliotecas a seguir:
packages <- c("ggplot2",
"tidyverse",
"knitr",
"plotly",
"tidyr",
"dplyr",
"widgetframe",
"rmarkdown",
"zoo",
"EpiEstim",
"lubridate",
"readr",
"svglite",
"scales")
for (p in packages) if(!require(p, character.only=T)) install.packages(p)Se por acaso precisar instalar novas bibliotecas, lembre-se de adicionar aqui e no arquivo.
Clone o repositório na linha de comando. Dependendo do que será alterado (pagina de estados, municípios ou do país todo), o comando será diferente.
Caso queira executar as funções para o modelo referente ao brasil inteiro, execute
$ Rscript update.RSe executar as funções para os modelos referentes ao município é o que você procura, execute
$ Rscript update_municipio.R --m SPSe o que quer é executar as funções para os modelos referentes aos estados, execute
$ Rscript update_estado.RSe quer executar todos ao mesmo tempo,
$ Rscript update_all.RAlguns avisos aparecem após a execução, e ela demora um pouco. Espere terminar, e se não houver erros, os arquivos referentes aos gráficos em .html e .svg serão atualizados na pasta web, e podem ser vistos individualmente direto no navegador.
Após terminar de criar um gráfico novo, para que ele seja incluído no html, o primeiro passo é fazer com que ele seja transformado em imagem ".svg" e um código ".html" com ggplotly (que garante a interatividade do gráfico no site). Para isso, ele deve estar sendo plotado em um dos arquivos R plots.R (gráficos referentes ao Brasil todo) ou plots_municipio.R (gráficos referentes a todos os municipios).
Em um dos arquivos update.R (gráficos referente Brasil todo) ou update_municipio.R (referente a todos os municípios), adicione o nome do seu gráfico à lista de gráficos a serem renderizados:
## No arquivo de update em questão
plots.para.atualizar <- makeNamedList(..., seu.grafico)
IMPORTANTE: ele deve ser um ggplot. Caso seja uma análise para estado, enviar uma mensagem.
Caso você tenha um novo modelo a incluir, que gere uma nova página, crie um arquivo para fazer update do seu modelo, e inclua ele no arquivo update_all.R da forma
source("update_seumodelo.R")Este arquivo de update deve conter as seguintes linhas de código, se os seus plots forem interativos:
## Data de Atualizacao
print("Atualizando data de atualizacao...")
file <- file("../web/last.update.seumodelo.txt") # coloco o nome do municipio?
writeLines(c(paste(now())), file)
close(file)
# Graficos a serem atualizados
plots.para.atualizar <- makeNamedList(plots.criados)
filenames <- names(plots.para.atualizar)
n <- length(plots.para.atualizar)
for (i in 1:n){
graph.html <- ggplotly(plots.para.atualizar.municipio[[i]]) %>% layout(margin = list(l = 50, r = 20, b = 20, t = 20, pad = 4))
graph.svg <- plots.para.atualizar[[i]] + theme(axis.text = element_text(size=11, family="Arial", face="plain"), # ticks
axis.title = element_text(size=14, family="Arial", face="plain")) # title
filepath <- paste("../web/",filenames[i],sep="")
saveWidget(frameableWidget(graph.html), file = paste(filepath,".html",sep=""), libdir="./libs") # HTML Interative Plot
ggsave(paste(filepath,".svg",sep=""), plot = graph.svg, device = svg, scale= .8, width= 210, height = 142, units = "mm")
}substituindo apenas o plots.criados pela lista dos plots que vão ser colocados na página.
Caso queira plots estáticos:
## Data de Atualizacao
print("Atualizando data de atualizacao...")
file <- file("../web/last.update.seumodelo.txt") # coloco o nome do municipio?
writeLines(c(paste(now())), file)
close(file)
# Graficos a serem atualizados
plots.para.atualizar <- makeNamedList(plots.criados)
filenames <- names(plots.para.atualizar)
n <- length(plots.para.atualizar)
for (i in 1:n){
graph.svg <- plots.para.atualizar.municipio[[i]] + theme(axis.text = element_text(size=11, family="Arial", face="plain"), # ticks
axis.title = element_text(size=14, family="Arial", face="plain")) # title
filepath <- paste("../web/",filenames[i],sep="")
ggsave(paste(filepath,".svg",sep=""), plot = graph.svg, device = svg, scale= .8, width= 210, height = 142, units = "mm")
}Suas imagenns serão geradas com o mesmo nnome que o plot leva no R.
O arquivo template.html é um bom ponto de partida para criação de novas páginas. Ele inclui as barras de navegação superiores e inferiores pré-fabricadas, bem como a estrutura principal do corpo.
Primeiro substitua os dados do trecho de código a seguir, que se encontra nas linhas 8 a 11.
<!-- TÍTULO E DESCRIÇÃO DA PÁGINA-->
<meta name="description"
content="SUA DESCRIÇÃO AQUI">
<title>NOME DA SUA PÁGINA · Observatório Covid-19 BR</title>Escolha também quais arquivos de CSS sua página vai usar, de acordo com o conteúdo. Para adicionar o arquivo, descomente a linha de código referente a ele. Os possíveis CSS se encontram nas linhas 19 a 24, no trecho
<!-- <link href="./css/tables.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->
<!-- <link href="./css/toc.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->
<!-- <link href="./css/midia.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->
<!-- <link href="./css/email.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->
<!-- <link href="./css/accordion.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->
<!-- <link href="./css/charts.css?ver=2.00" rel="stylesheet"> -->Os aquivos CSS: tables é o estilo para tabelas, o toc é para índices, o midia serve para calendários e listas, email serve para emails ofuscados (que não dá para clicar para evitar span de robôs), accordion serve para criar menus acordeão, e charts serve para estilo de gráficos. Uma pagina simples pode usar apenas o css global, que já está incluido no template.
A estrutura do site é composta por quatro principais grupos:
A barra superior é o elemento flutuante que inclui o logo, o menu de estados e o menu de paginas do site.
Inclua o título da página no trecho a seguir, na linha 73 a 79.
<!-- DESTAQUE -->
<div class="nav-item destaque" data-toggle="collapse" data-target="#navbarSupportedContent"
aria-controls="navbarSupportedContent" aria-expanded="false" aria-label="Toggle navigation">
<a href="#">
TITULO DA PÁGINA
</a>
</div>Inclua os dados da página no código a seguir e use-o para substituir <!-- MENU.ITEM --> no arquivo .html:
<li class="nav-item">
<a class="nav-link" href="./ITEM.html">ITEM</a>
</li>
<!-- MENU.ITEM -->
No arquivo .html do próprio item, o código deve ser o seguinte para correta indicação da página ativa:
<li class="nav-item active">
<a class="nav-link" href="./ITEM.html">ITEM</a>
</li>
<!-- MENU.ITEM -->
Busque por <!-- OBSERV.LOGO.IMAGEM --> e substitua o conteúdo de src="" pelo arquivo .svg desejado.
Este grupo inclui o título principal da página e a data de atualização.
Busque por <!-- PAGE.TITLE --> e substitua o conteúdo após <h1 class="display"> pelo título desejado.
Os cards armazenam todas as informações importantes do corpo da página. Conforme mais cards de conteúdo são adicionados sua disposição é atualizada automáticamente.
A estrutura básica de um card é formada por:
<!-- NEW.CARD -->
<!-- Identificador do card -->
<div class="card">
<div class="card-body">
<!-- CONTEÚDO AQUI -->
</div>
</div>
<!-- NEW.CARD -->
Cada card distinto deve conter um identificador distinto em <!-- Identificador do card --> para facilitar sua edição.
Basta adicionar os componentes desejados em <!-- CONTEÚDO AQUI --> de acordo com os códigos pré-fabricados a seguir:
Títulos são identificados por <!-- CARD.HEADER --> Atenção! Títulos também devem ser inclusos no conteúdo do card.
Modifique o ícone buscando por <!-- CARD.TITLE.ICON --> e substituindo NOME_DO_ARQUIVO.svg. O ícone deve ser uma imagem em .svg.
Modifique o título buscando por <!-- CARD.TITLE.TEXT --> e substituindo TITULO DO CARD
Modifique a descrição do card buscando por <!-- CARD.TITLE.DESCRIPTION --> e substituindo BREVE DESCRICAO
<!-- CARD.HEADER -->
<div class="media">
<img src="./img/NOME_DO_ARQUIVO.svg" width=40px alt="DESCRIÇÃO ACESSÍVEL" class="card-icon"> <!-- CARD.TITLE.ICON -->
<div class="media-body">
<h5 class="card-title">TITULO DO CARD</h5> <!-- CARD.TITLE.TEXT -->
<p class="card-text">BREVE DESCRICAO</p> <!-- CARD.TITLE.DESCRIPTION -->
</div>
</div>
Use o site Iconfinder (https://www.iconfinder.com/p/coronavirus-awareness-icons) para encontrar ícone gratuitos em svg relacionados ao COVID-19. Importante: o nome do autor do ícone deve ser citado em Sobre.
Modifique o título buscando por <!-- CARD.TITLE.TEXT --> e substituindo TITULO DO CARD
<!-- CARD.HEADER -->
<h5 class="card-title mb-3">TITULO DO CARD</h5> <!-- CARD.TITLE.TEXT -->
Existem múltiplos elementos de conteúdo que podem ser combinados livremente em um card:
Ao compilar o arquivo update.R a hora é atualizada automaticamente para cada página. Insira o código a seguir para exibir o horário da última atualização dos gráficos:
<!-- CARD.DATE -->
<small class="page-title-update updateDate">Última atualização: </small>
Para cada página, a seguinte função deve ser chamada em javascript com o nome do arquivo que contém a data de atualização como argumento:
updateDate('last.update');
A página deve incluir o script updateDate.js para correto funcionamento:
<script src="js/updateDate.js"></script>
Esse script já está incluido no template.
Se necessário, modifique uma data de atualização manual buscando por <!-- CARD.DATE.MANUAL --> ou insira uma nova com o código a seguir:
<!-- CARD.DATE.MANUAL -->
<p class="card-date"><small>Última atualização: DD/MM/AAAA HH:MM</small></p>
Modifique uma imagem estática e sua legenda buscando por <!-- CARD.IMAGE --> ou insira uma nova com o código a seguir:
<!-- CARD.IMAGE -->
<img src="./fig/NOME_DO_ARQUIVO.svg" class="card-img-top" alt="DESCRIÇÃO ACESSÍVEL">
<p class="card-text legenda"><small>BREVE LEGENDA AQUI</small></p> <!-- CARD.IMAGE.LEGENDA -->
Modifique um GGPlot interativo buscando por <!-- CARD.GGPLOT --> ou insira um novo utilizando:
<!-- CARD.GGPLOT.INTERATIVO -->
<div data-src="./web/IDENTIFICADOR.DO.GRAFICO.html" class="codegena_iframe center d-flex flex-column justify-content-center"
data-css="background:url('./img/loading.gif') white center center no-repeat;border:0px;"
data-responsive="true">
<picture class="side-by-side">
<source media="(max-width: 575.98px)" srcset="./web/plot.forecast.exp.ex.svg">
<source media="(max-width: 767.98px)" srcset="./web/plot.forecast.exp.sm.svg">
<source media="(max-width: 991.98px)" srcset="./web/plot.forecast.exp.md.svg">
<source media="(max-width: 1199.98px)" srcset="./web/plot.forecast.exp.lg.svg">
<img src="./web/IDENTIFICADOR.DO.GRAFICO.svg" class="placeholder_svg side-by-side" width="100%">
</picture>
</div>
<script src="./js/async-iframe.js"></script>
Nota: IDENTIFICADOR.DO.GRAFICO deve ser substituído pelo mesmo identificador utilizado na geração do gráfico nos arquivos para plotagem.
Nota 2: Para correto funcionamento na página estados.html, os gráficos devem ser salvos no R com seguinte nomenclatura:
IDENTIFICADOR.GRÁFICO.UF
Porém ao incluí-los no código HTML é necessário omitir o código UF:
IDENTIFICADOR.GRÁFICO
Modifique a legenda de um gráfico buscando por <!-- CARD.GGPLOT.LEGEND --> ou insira uma nova utilizando:
<!-- CARD.GGPLOT.LEGEND -->
<div class="card-chartLegend">
<small class="chartLegendSquare" id="COR_DA_LEGENDA">LEGENDA 1</small>
<small class="chartLegendSquare" id="COR_DA_LEGENDA">LEGENDA 2</small>
</div>
Para manter boa visualização online, cada linha pode conter apenas duas legendas. Para adicionar mais legendas adicione um novo bloco.
A cor da legenda pode ser alterada substituindo COR_DA_LEGENDA por:
legendBlack
legendGrey
legendBlue
legendLightBlue
legendDarkBlue
legendPurple
legendPink
legendRed
legendOrange
legendYellow
legendGreen
legendTeal
Modifique o texto de um card buscando por <!-- CARD.TEXT --> (ou pelo próprio texto) ou insira um novo bloco utilizando:
<!-- CARD.TEXT -->
<p class="text-justify">
Você deve escrever o seu texto aqui. O texto exibido será justificado.
Apesar de estar em outra linha, não há quebra de linha aqui. Caso precise de uma quebra
de linha, inclua outro bloco de texto.
</p>
Modifique uma assinatura buscando por <!-- CARD.SIGNATURE --> ou insira uma nova utilizando:
<!-- CARD.SIGNATURE -->
<div class="blockquote-footer text-right">Observatório COVID-19</div>
Modifique um botão buscando por <!-- CARD.BUTTON --> ou insira um novo utilizando:
<!-- CARD.BUTTON -->
<a href="LINK PARA A PÁGINA" target="_blank"><button class="btn btn-primary mt-1" type="button">
TEXTO DO BOTÃO
</button></a>
Modifique um botão que revela texto escondido buscando por <!-- CARD.BUTTON.EXPAND --> ou insira um novo utilizando:
<!-- CARD.BUTTON.EXPAND -->
<button class="btn btn-primary" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#collapseGraph" aria-expanded="false" aria-controls="collapseGraph">
TEXTO DO BOTÃO ▾
</button>
<!-- CARD.BUTTON.EXPAND.CONTENT -->
<div class="collapse mt-2" id="collapseGraph">
<!-- CONTEÚDO ESCONDIDO AQUI-->
</div>
Em <!-- CONTEÚDO ESCONDIDO AQUI--> é possível inserir qualquer tipo de conteúdo descrito aqui: texto, imagens, assinaturas e etc.
No final do template está comentado os scripts para equação matemática. No seu arquivo, descomente-os.
<!-- SCRIPT PARA USAR MATHJAX E ESCREVER EQUAÇÕES
<script src="https://polyfill.io/v3/polyfill.min.js?features=es6"></script>
<script id="MathJax-script" async src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@3.0.1/es5/tex-mml-chtml.js"></script> -->
Para escrever a equação \( EQUAÇÃO NA FORMA LATEX AQUI \)
No arquivo template.html o script necessário para utilizar tabelas criadas no R está comentado. Descomente-o apenas em páginas cujo uso de tabelas é necessário.
<!-- SCRIPT PARA USAR TABELAS
<script src="js/updateTable.js"></script> -->
Adicione o seguinte código em seu card na posição em que gostaria que a tabela. Substitua TABELA.html pelo nome da sua tabela gerada em R.
<!-- CARD.AUTO.TABLE -->
<include src="./tables/TABELA.html">Carregando...</include>
Caso queira uma tabela de conteúdo na sua página, descomente o código
<!-- SCRIPT PARA TABELA DE CONTEÚDO-->
<!---<script src="https://cdn.jsdelivr.net/gh/afeld/bootstrap-toc@v1.0.1/dist/bootstrap-toc.min.js"></script> -->e adicione as seguintes linha de código antes dos cards.
<!-- TABELA DE CONTEÚDO AQUI -->
<p class="h6 toc-title">Índice</p>
<nav id="toc" data-toggle="toc" class="sticky-top"></nav>ATENÇÃO: lembre de descomentar também o CSS relativo a tabela de conteúdo (toc).
Substitua qualquer <!-- NEW.CARD --> pelo código do seu card de acordo com a posição desejada.
A quantidade de colunas é ajustada automáticamente de acordo com a tela do dispositivo para permitir melhor navegação mobile. No entanto, caso deseje alterar manualmente
o numero de colunas para telas a partir de 1200px de largura basta buscar por <!-- COLUMNS.NUM --> e substituir <div class="card-columns"> pela tag desejada:
<div class="card-columns two"> <!-- Duas colunas -->
<div class="card-columns one"> <!-- Uma coluna -->
Este caso particular é utilizado para otimizar as páginas específicas de estados em telas de alta resolução.
A barra inferior é o elemento fixo no final da página e pode conter múltiplos itens.
Substitua <!-- FOOTER.ITEM --> pelo texto desejado usando as tags <div>
<div class="footer-content"><small>Seu texto aqui</small></div>
<!-- FOOTER.ITEM -->
Como o site inclui a biblioteca Ionicons é possível adicionar ícones seguidos de texto na barra inferior.
Substitua <!-- FOOTER.ITEM --> pelo seguinte código, personalizando o texto e o ícone:
<div class="footer-content">
<ion-icon name="logo-github"></ion-icon>
<p class="mb-0 ml-1"><a href="Seu link aqui" target="_blank" class="text-reset">Seu texto aqui</a></p>
</div>
<!-- FOOTER.ITEM -->
Para trocar o ícone basta substituir <ion-icon name="logo-github"></ion-icon> pelo código do ícone desejado, obtido em Ionicons
Alterações nas barras superior e inferior devem ser incluidas em todos os arquivos .html para garantir consistência na navegação.