OM reseq pipeline

分析流程

使用说明

Getting started

# quick start
nextflow run main.nf \
    --reads 'fq_dr/*_R{1,2}.fastq.gz' \ # *通配样品名称
    --outdir result_dir \
    --known_vcf known.vcf.gz \ # 已知 snp 位点 vcf 文件，需要建立索引
    --data_type exome \ # 数据类型 [exome, reseq, rnaseq]，默认为外显子数据
    --run_snp \ # 运行整个 snp 分析流程， 建议按照 run_fastp, run_align, run_snp 顺序依次运行
    -profile slurm,conda \ 
    -resume

Advanced

--genome

基因组名称，默认为 tcuni1.1， 需在 --genomes_base 目录下提前准备

--genomes_base

参考基因组，注释文件目录，需要准备的文件参考 conf/genomes.config

--aligner

rnaseq mapping 软件 [star, hisat2]，默认 star

--snpEff

snpEff 数据库路径

--snpEff_db

snpEff 数据库名称，false 代表不进行 SNP 注释

--skip_merge

不生成合并所有样品的 vcf 文件

--run_fastp

运行流程至 fastp 部分结束

--run_align

运行流程至 alignment 部分结束

--run_snp

运行完整 snp 分析流程