Yulab 生信学习

包含学习资料、学习计划、文献等

对初学着说的话

当前文档的学习对象是：学生物的也想了解和做一些生信分析的同学

专业生信技能提升，还需要系统的课程和培训等。

• 基本靠自学
• 对Linux, R, Python 这三个工具或语言基本了解很有用
• 从具体项目中锻炼、提升技能

提前准备

• 使用 git 管理代码和项目文档 例如： git-guide 和 Git教程- 廖雪峰的官方网站 。 了解git clone, git pull, git push, git add, git commit等基本命令，以及branch分支管理

• 使用 markdown 描述项目
  例如： Markdown 教程, Mastering Markdown

• 使用 Notepad++, sublime等编写代码
  不用 windows自带的记事本甚至Office Word编写或查看脚本
  Notepad++是Windows平台非常友好的代码编辑工具，前往官方下载链接： url

学习方式

• 在 assignment的文件夹下找到对应的任务

  例如：assignment/2019/eCLIP/eCLIP_assignment-20190606.md

• 在相应的目录下，创建用自己名字命名的文件夹，保存相应的脚本和说明 - markdown

  例如：assignment/2019/eCLIP/jeffrey_20190606

• 随后通过 pull request 上传作业至github网站

GitHub从fork到pull request之基础流程

Pipeline

• RNAseq tutorial (Griffith Lab): https://github.com/griffithlab/rnaseq_tutorial/wiki