Github: https://github.com/scilus/tractoflow
Documentation: https://tractoflow-documentation.readthedocs.io/en/latest/
Paper: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32447016/
Organization: Unité Fonctionnelle de Neuroimagerie (UNF), Centre de recherche de l’institut Universitaire de Gériatrie de Montréal (CRIUGM)
Maintainer: Arnaud Boré and Christophe Bedetti
TOAD aims to offer an automated pipeline to process diffusion neuroimaging data. The toolkit uses a large combination of tools (Matlab, FreeSurfer, FSL, Mrtrix ...) to clean the data, compute different masks, segment maps and then compute fibers, tensors and their associated metrics such as Fractional Anisotropy (FA) and so on.
The project is available on the UNF servers for research purposes only. Unfortunately, it is not possible to use it outside because of a private dependency (post-processing tractography). A new pipeline will be available on CBRAIN in the near future.
You can find the documentation here.
TOAD vise à offrir une chaine de traitement semi-automatisée pour analyser les données de neuro-imagerie de diffusion. La boite à outils qu’est TOAD utilise de nombreux logiciels (Matlab, FreeSurfer, FSL, Mrtrix ...) pour corriger, débruiter et reconstruire les tenseurs et extraire les principales métriques associées (MD, FA ...) ainsi que pour produire les faisceaux de connectivité à partir des données de diffusion.
Le projet est disponible sur les serveurs de l'UNF à des fins de recherche uniquement. Malheureusement, il n'est pas possible de l'utiliser en dehors à cause d'une dépendance privée (post-traitement de la tractographie). Un nouveau pipeline sera disponible prochainement sur CBRAIN.
La documentation de TOAD est ici.