En este repositorio se encuentra todo el código generado que comprende la herramienta de análisis downstreaming de datos de proteómica cuantitativa Label free.
En el presente repositorio podemos encontrar el software de análisis de datos de proteómica cuantitativa Label free enfocado en el análisis de datos tanto de DDA como de DIA procedentes de las plataformas computacionales MaxQuant, MSFragger y DIA-NN. Dentro de sus funcionalidades destacan el llevar a cabo un preprocesado de los datos, análisis de expresión diferencial, análisis funcional y de interacción de proteínas, junto con la visualización de cada una de las anteriores etapas mencionadas
Además en el presente repositorio se encuentra un pipeline para el análisis de datos de proteómica cuantitativa label free procedentes de MaxQuant cuyos archivos podemos encontrar en la carpeta "Pipeline" que contiene el archivo main.R eje conductor de las funcionalidades desarrolladas y los archivos dataprocessing.R quality_metrics.R, statisticalAnalysis.R, overviewfigures.R, enrichment.R y Network.R que contienen el conjunto de funciones implementadas. El conjunto de archivos presentes en la carpeta "Pipeline" desempeñan las funciones de la aplicación en RStudio.
- Archivo "ProteinGroups.txt" de MaxQuant. Encontramos un dataset de prueba en la carpeta "data".
- Archivo "combined_protein.tsv" de MSFragger.
- Archivo "report.pg.matrix.tsv" de DIA-NN.
# Outputs 1. Quality metrics: - Boxplots - Dispersion plot - Scatter plots - Pre/post imputation plots - Histograms - Principal Component Analysis - Correlation plot - Q-Q plot 2. Overview figures: - Volcano plot - Heatmap 3. Enrichment: - Dotplot - Barplot - Manhattan plot 4. Interactions: - Interaction networks 5. Data: - *data set* tras preprocesamiento - *data set* tras análisis estadístico - *data set* tras análisis funcional # Créditos Paquetes que lo hacen posible: dplyr, ggplot2, ggvenn, VIM, gplots, gprofiler2, igraph, plotly, limma, clusterprofiler, enrichplot, stringdb.