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zhangfan0319/pipeline

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pipeline

data_prepare.sh

数据的原始准备,为Gmatrix.R文件提供读入文件ID.txt和pop.raw

Gmatrix.R

该文件为构建基因组选择矩阵的R脚本,通过读入ID.txt和pop.raw进行矩阵计算,输出文件为Ginv.csv

gblup.R

该文件的输入文件分别为Ginv.csv、ID.txt、pheno.txt(该文件为生产数据),并且需要导入rntransform.R、ztransform.R文件进行数据正态转化,最终经过计算得到的文件分别为trait_var.txt、trait_h2.txt、GEBV_trait.csv

multiple_trait.sh

该文件的目的是为了传参数到gblup.R文件里,通过替换{trait} 完成多个性状的计算,并且利用shell脚本实现并行计算

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