a few fixed tpl errors

traitecoevo · Aug 6, 2017 · d9af291 · d9af291
1 parent be4a8d8
commit d9af291
Show file tree

Hide file tree

Showing 4 changed files with 3 additions and 6 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: taxonlookup
 Title: A dynamically-updating versioned taxonomic resource for vascular plants
-Version: 1.1.1
+Version: 1.1.2
 Date: 2016-01-29
 Description: This is a taxon lookup table for land plants. It is built from a
     set of scripts that dynamically build a versioned genus-family-order-higher taxa

diff --git a/R/sysdata.rda b/R/sysdata.rda
diff --git a/plant_lookup.csv b/plant_lookup.csv
@@ -8830,7 +8830,6 @@ number.of.accepted.species,number.of.accepted.and.unresolved.species,genus,famil
 34,60,Alysicarpus,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
 0,10,Amarenus,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
 1,2,Amblygonocarpus,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
-4,4,Amblytropis,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
 2,2,Amburana,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
 33,58,Amerimnon,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
 1,1,Amherstia,Leguminosae,Fabaceae,Fabales,Angiosperms
@@ -11856,7 +11855,6 @@ number.of.accepted.species,number.of.accepted.and.unresolved.species,genus,famil
 1,1,Petenaea,Petenaeaceae,Petenaeaceae,Huerteales,Angiosperms
 4,4,Huertea,Tapisciaceae,Tapisciaceae,Huerteales,Angiosperms
 2,2,Tapiscia,Tapisciaceae,Tapisciaceae,Huerteales,Angiosperms
-18,28,Adelanthus,Icacinaceae,Icacinaceae,Icacinales,Angiosperms
 8,10,Alsodeiopsis,Icacinaceae,Icacinaceae,Icacinales,Angiosperms
 8,8,Apodytes,Icacinaceae,Icacinaceae,Icacinales,Angiosperms
 5,5,Calatola,Icacinaceae,Icacinaceae,Icacinales,Angiosperms
@@ -12290,7 +12288,6 @@ number.of.accepted.species,number.of.accepted.and.unresolved.species,genus,famil
 1,5,Synnema,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
 0,1,Syringidium,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
 1,1,Taeniandra,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
-0,1,Talbotia,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
 3,7,Teliostachya,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
 1,1,Tessmanniacanthus,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
 1,7,Tetraglochidium,Acanthaceae,Acanthaceae,Lamiales,Angiosperms
@@ -20520,7 +20517,6 @@ number.of.accepted.species,number.of.accepted.and.unresolved.species,genus,famil
 5,6,Porlieria,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
 1,59,Roepera,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
 1,2,Sarcozygium,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
-1,2,Schroeterella,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
 1,2,Seetzenia,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
 1,1,Sericodes,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
 1,1,Sisyndite,Zygophyllaceae,Zygophyllaceae,Zygophyllales,Angiosperms
@@ -20864,6 +20860,7 @@ number.of.accepted.species,number.of.accepted.and.unresolved.species,genus,famil
 1,1,Cyrtopus,Cyrtopodaceae,Cyrtopodaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
 8,8,Actinodontium,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
 1,1,Adelothecium,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
+4,4,Amblytropis,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
 1,1,Benitotania,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
 17,17,Callicosta,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes
 32,32,Calyptrochaeta,Daltoniaceae,Daltoniaceae,Undeter_peristomate_moss,Bryophytes

diff --git a/source_data/badGeneraFamilyPairs.csv b/source_data/badGeneraFamilyPairs.csv
@@ -1 +1 @@
-genus,familyAsteriscium,CompositaeBenthamia,BoraginaceaeBrodiaea,AmaryllidaceaeBridgesia,CactaceaeBrodiaea,AmaryllidaceaeBulbostylis,CompositaeHeeria,MelastomataceaeHolboellia,BerberidaceaeHumboldtia,OrchidaceaeIsoloma,LindsaeaceaeLaxmannia,CompositaeLepidostemon,ConvolvulaceaeMyrmecophila,PolypodiaceaeOreocallis,EricaceaeParsonsia,LythraceaePseudogaltonia,LiliaceaeSchmidtia,CompositaeSwartzia,SolanaceaeThomandersia,SchlegeliaceaeWashingtonia,ApiaceaeMalacocarpus,CactaceaeLimnobium,AmblystegiaceaePleuridium,ArchidiaceaeGrimaldia,AytoniaceaeBurnettia,BrachytheciaceaePancovia,BrachytheciaceaeLamprophyllum,BryaceaeZieria,BryaceaeAmblytropis,DaltoniaceaeSolmsia,DicranaceaeCynodon,DitrichaceaeSwartzia,DitrichaceaeLeersia,EncalyptaceaeCuspidaria,EntodontaceaeMicromitrium,EphemeraceaePolypodiopsis,FissidentaceaeCorynotheca,FunariaceaeMicrostegium,FunariaceaeHarrisonia,HedwigiaceaeHarveya,HookeriaceaeHypopterygium,HookeriaceaeCtenium,HypnaceaeMassularia,JungermanniaceaeCladocolea,LejeuneaceaeLasia,LeptodontaceaeHygrophila,MarchantiaceaeMastigophora,LepicoleaceaeCoelidium,MeteoriaceaeTricholepis,MeteoriaceaeMnium,CalypogeiaceaeDistichia,NeckeraceaeCraspedophyllum,OrthotrichaceaeOxymitra,AnnonaceaeBlyttia,PallaviciniaceaeAsteriscium,PottiaceaeMollia,PottiaceaePachyneurum,PottiaceaeEsenbeckia,PterobryaceaeBrachypodium,PtychomitriaceaeAcanthocladium,SematophyllaceaeRauia,ThuidiaceaeAcanthodium,AcanthaceaeAcosta,CompositaeAdelia,OleaceaeAlliaria,MeliaceaeAnacampseros,CrassulaceaeArthraxon,LoranthaceaeBalbisia,CompositaeBartonia,LoasaceaeBassia,SapotaceaeBenthamia,CornaceaeBlechum,BlechnaceaeBrachyloma,GesneriaceaeBrocchia,SimmondsiaceaeBrugmansia,RafflesiaceaeBruguiera,CombretaceaeBrya,ChrysobalanaceaeCalophyllum,CalophyllaceaeCedrus,MeliaceaeCondalia,RubiaceaeCrepidophyllum,HymenophyllaceaeCyrtanthus,RubiaceaeDarcya,SolanaceaeDianthera,CleomaceaeDitrichum,CompositaeDonax,PoaceaeDrummondia,SaxifragaceaeDryopteris,PteridaceaeDunalia,AraceaeDusenia,CompositaeDuvalia,LeguminosaeEria,EricaceaeErucaria,PoaceaeEustegia,MelastomataceaeFilicula,WoodsiaceaeFlemingia,RubiaceaeFroelichia,RubiaceaeGastrochilus,ZingiberaceaeGerardia,AcanthaceaeGertrudia,FlacourtiaceaeGymnotheca,MarattiaceaeHaemanthus,AsparagaceaeHedwigia,BurseraceaeHelicophyllum,AraceaeHeliohebe,ScrophulariaceaeHepatica,ConocephalaceaeHeteroneurum,LomariopsidaceaeHonckenya,MalvaceaeHornschuchia,SapotaceaeHutchinsonia,CompositaeHymenolepis,PolypodiaceaeJoannesia,CompositaeJonesia,LeguminosaeLeptopyrum,PoaceaeLichtensteinia,LoranthaceaeLightfootia,BixaceaeLophiocarpus,AlismataceaeLopholepis,PolypodiaceaeLumnitzera,LamiaceaeMammea,ClusiaceaeManettia,ScrophulariaceaeMannia,SimaroubaceaeMeeboldia,CapparaceaeMertensia,GleicheniaceaeMeyenia,AcanthaceaeMeyenia,CactaceaeMicranthus,AcanthaceaeMyzorrhiza,ScrophulariaceaeNeesia,CompositaeNivenia,ProteaceaeOdontitella,ScrophulariaceaeOnychium,OrchidaceaePachypodium,BrassicaceaePanzeria,LamiaceaeParmentiera,SolanaceaePiquetia,AizoaceaePlatyloma,PteridaceaePleuridium,PolypodiaceaeRazoumofskya,LoranthaceaeReinwardtia,ConvolvulaceaeRhacoma,CompositaeRichardia,CompositaeRichea,EricaceaeRoemeria,PoaceaeRoscoea,LamiaceaeRoylea,PoaceaeSchrebera,CelastraceaeSebastiania,CompositaeSilvia,LauraceaeSolena,RubiaceaeSolenopsis,SolanaceaeSpiranthera,ConvolvulaceaeSpirostachys,AmaranthaceaeStipularia,RanunculaceaeThomandersia,ThomandersiaceaeTillandsia,AsparagaceaeTrichocyclus,AizoaceaeUncaria,PedaliaceaeUrtica,MoraceaeUsteria,EuphorbiaceaeWahlenbergia,CompositaeWaitzia,IridaceaeWebera,RubiaceaeWedelia,NyctaginaceaeWelwitschia,PolemoniaceaeWettsteinia,CompositaeWiborgia,CompositaeWilhelmsia,PoaceaeZiziphus,CannabaceaePetagnia,ApiaceaeGilibertia,AraliaceaeBonapartea,AsparagaceaePhalangium,AsparagaceaePhalangium,IridaceaePhalangium,XanthorrhoeaceaeKaulfussia,CompositaeMyconia,CompositaeOmalanthus,CompositaeBanalia,AmaranthaceaeAcetosella,PolygonaceaeRhynchocarpa,CucurbitaceaeCandollea,DilleniaceaeRostellaria,SapotaceaeRhynchocarpa,LeguminosaeCynoctonum,ApocynaceaeGoeppertia,GentianaceaeCynoctonum,LoganiaceaeGriffithia,RubiaceaeRostellaria,AcanthaceaeMyconia,GesneriaceaeZappania,LamiaceaeMoniera,PlantaginaceaeZappania,VerbenaceaeGoeppertia,LauraceaeGriffithia,AnnonaceaeAtomostigma,ChrysobalanaceaeCycnia,ChrysobalanaceaeBanalia,EuphorbiaceaeOmalanthus,EuphorbiaceaeGuidonia,FlacourtiaceaeTulasnea,PodostemaceaeGuidonia,SalicaceaeTulasnea,MelastomataceaeAcetosella,OxalidaceaeBonapartea,BromeliaceaeAtomostigma,RosaceaeCycnia,RosaceaeGilibertia,MeliaceaeMoniera,RutaceaePetagnia,SolanaceaeKaulfussia,MarattiaceaeCandollea,Polypodiaceae
+genus,familyAsteriscium,CompositaeBenthamia,BoraginaceaeBrodiaea,AmaryllidaceaeBridgesia,CactaceaeBrodiaea,AmaryllidaceaeBulbostylis,CompositaeHeeria,MelastomataceaeHolboellia,BerberidaceaeHumboldtia,OrchidaceaeIsoloma,LindsaeaceaeLaxmannia,CompositaeLepidostemon,ConvolvulaceaeMyrmecophila,PolypodiaceaeOreocallis,EricaceaeParsonsia,LythraceaePseudogaltonia,LiliaceaeSchmidtia,CompositaeSwartzia,SolanaceaeThomandersia,SchlegeliaceaeWashingtonia,ApiaceaeMalacocarpus,CactaceaeLimnobium,AmblystegiaceaePleuridium,ArchidiaceaeGrimaldia,AytoniaceaeBurnettia,BrachytheciaceaePancovia,BrachytheciaceaeLamprophyllum,BryaceaeZieria,BryaceaeSolmsia,DicranaceaeCynodon,DitrichaceaeSwartzia,DitrichaceaeLeersia,EncalyptaceaeCuspidaria,EntodontaceaeMicromitrium,EphemeraceaePolypodiopsis,FissidentaceaeCorynotheca,FunariaceaeMicrostegium,FunariaceaeHarrisonia,HedwigiaceaeHarveya,HookeriaceaeHypopterygium,HookeriaceaeCtenium,HypnaceaeMassularia,JungermanniaceaeCladocolea,LejeuneaceaeLasia,LeptodontaceaeHygrophila,MarchantiaceaeMastigophora,LepicoleaceaeCoelidium,MeteoriaceaeTricholepis,MeteoriaceaeMnium,CalypogeiaceaeDistichia,NeckeraceaeCraspedophyllum,OrthotrichaceaeOxymitra,AnnonaceaeBlyttia,PallaviciniaceaeAsteriscium,PottiaceaeMollia,PottiaceaePachyneurum,PottiaceaeEsenbeckia,PterobryaceaeBrachypodium,PtychomitriaceaeAcanthocladium,SematophyllaceaeRauia,ThuidiaceaeAcanthodium,AcanthaceaeAcosta,CompositaeAdelia,OleaceaeAlliaria,MeliaceaeAnacampseros,CrassulaceaeArthraxon,LoranthaceaeBalbisia,CompositaeBartonia,LoasaceaeBassia,SapotaceaeBenthamia,CornaceaeBlechum,BlechnaceaeBrachyloma,GesneriaceaeBrocchia,SimmondsiaceaeBrugmansia,RafflesiaceaeBruguiera,CombretaceaeBrya,ChrysobalanaceaeCalophyllum,CalophyllaceaeCedrus,MeliaceaeCondalia,RubiaceaeCrepidophyllum,HymenophyllaceaeCyrtanthus,RubiaceaeDarcya,SolanaceaeDianthera,CleomaceaeDitrichum,CompositaeDonax,PoaceaeDrummondia,SaxifragaceaeDryopteris,PteridaceaeDunalia,AraceaeDusenia,CompositaeDuvalia,LeguminosaeEria,EricaceaeErucaria,PoaceaeEustegia,MelastomataceaeFilicula,WoodsiaceaeFlemingia,RubiaceaeFroelichia,RubiaceaeGastrochilus,ZingiberaceaeGerardia,AcanthaceaeGertrudia,FlacourtiaceaeGymnotheca,MarattiaceaeHaemanthus,AsparagaceaeHedwigia,BurseraceaeHelicophyllum,AraceaeHeliohebe,ScrophulariaceaeHepatica,ConocephalaceaeHeteroneurum,LomariopsidaceaeHonckenya,MalvaceaeHornschuchia,SapotaceaeHutchinsonia,CompositaeHymenolepis,PolypodiaceaeJoannesia,CompositaeJonesia,LeguminosaeLeptopyrum,PoaceaeLichtensteinia,LoranthaceaeLightfootia,BixaceaeLophiocarpus,AlismataceaeLopholepis,PolypodiaceaeLumnitzera,LamiaceaeMammea,ClusiaceaeManettia,ScrophulariaceaeMannia,SimaroubaceaeMeeboldia,CapparaceaeMertensia,GleicheniaceaeMeyenia,AcanthaceaeMeyenia,CactaceaeMicranthus,AcanthaceaeMyzorrhiza,ScrophulariaceaeNeesia,CompositaeNivenia,ProteaceaeOdontitella,ScrophulariaceaeOnychium,OrchidaceaePachypodium,BrassicaceaePanzeria,LamiaceaeParmentiera,SolanaceaePiquetia,AizoaceaePlatyloma,PteridaceaePleuridium,PolypodiaceaeRazoumofskya,LoranthaceaeReinwardtia,ConvolvulaceaeRhacoma,CompositaeRichardia,CompositaeRichea,EricaceaeRoemeria,PoaceaeRoscoea,LamiaceaeRoylea,PoaceaeSchrebera,CelastraceaeSebastiania,CompositaeSilvia,LauraceaeSolena,RubiaceaeSolenopsis,SolanaceaeSpiranthera,ConvolvulaceaeSpirostachys,AmaranthaceaeStipularia,RanunculaceaeThomandersia,ThomandersiaceaeTillandsia,AsparagaceaeTrichocyclus,AizoaceaeUncaria,PedaliaceaeUrtica,MoraceaeUsteria,EuphorbiaceaeWahlenbergia,CompositaeWaitzia,IridaceaeWebera,RubiaceaeWedelia,NyctaginaceaeWelwitschia,PolemoniaceaeWettsteinia,CompositaeWiborgia,CompositaeWilhelmsia,PoaceaeZiziphus,CannabaceaePetagnia,ApiaceaeGilibertia,AraliaceaeBonapartea,AsparagaceaePhalangium,AsparagaceaePhalangium,IridaceaePhalangium,XanthorrhoeaceaeKaulfussia,CompositaeMyconia,CompositaeOmalanthus,CompositaeBanalia,AmaranthaceaeAcetosella,PolygonaceaeRhynchocarpa,CucurbitaceaeCandollea,DilleniaceaeRostellaria,SapotaceaeRhynchocarpa,LeguminosaeCynoctonum,ApocynaceaeGoeppertia,GentianaceaeCynoctonum,LoganiaceaeGriffithia,RubiaceaeRostellaria,AcanthaceaeMyconia,GesneriaceaeZappania,LamiaceaeMoniera,PlantaginaceaeZappania,VerbenaceaeGoeppertia,LauraceaeGriffithia,AnnonaceaeAtomostigma,ChrysobalanaceaeCycnia,ChrysobalanaceaeBanalia,EuphorbiaceaeOmalanthus,EuphorbiaceaeGuidonia,FlacourtiaceaeTulasnea,PodostemaceaeGuidonia,SalicaceaeTulasnea,MelastomataceaeAcetosella,OxalidaceaeBonapartea,BromeliaceaeAtomostigma,RosaceaeCycnia,RosaceaeGilibertia,MeliaceaeMoniera,RutaceaePetagnia,SolanaceaeKaulfussia,MarattiaceaeCandollea,PolypodiaceaeTalbotia,AcanthaceaeAmblytropis,LeguminosaeAdelanthus,IcacinaceaeSchroeterella,Zygophyllaceae