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bienflorencia committed Apr 30, 2023
1 parent 0dc6218 commit b2600a3
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Showing 15 changed files with 159 additions and 67 deletions.
17 changes: 17 additions & 0 deletions _data/contribute.yml
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@@ -0,0 +1,17 @@
gbif:
title: ¿Cómo contribuir con datos?
# description: |
# You could add addditional descriptive text here
features:
- title: Publicación de datos en GBIF # required text
preTitle: # optional text
description: | # optional but recommended
Desde Biodiversidata podemos ayudarte a publicar tus datos de investigación a través de GBIF. Si estás interesado/a en compartirlos ponete en contacto.
# img required
background: /assets/images/logos/2023-biodiversidata-ilustraciones--02.png # required
href: mailto:biodiversidata@gmail.com?subject=Compartir datos # required
imageLicense: |
cta:
- text: Contacto
href: mailto:biodiversidata@gmail.com?subject=Compartir datos
isPrimary: true
10 changes: 6 additions & 4 deletions _data/footer.yml
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Expand Up @@ -6,7 +6,7 @@
- name: Acerca de
links:
- text: Nuestra historia
href: /acerca-de/historia
href: /acerca-de/nuestra-historia
- text: Quiénes somos
href: /acerca-de/quienes-somos
- text: Código de Investigación Responsable
Expand All @@ -22,11 +22,13 @@

- name: Contacto
description: | # Can be Markdown
* biodiversidata@gmail.com
* Uruguay
links:
- text: biodiversidata@gmail.com
href: 'mailto:biodiversidata@gmail.com?subject=Contacto Biodiversidata'
- text: Uruguay
href: '#nothing'
connectIcons: true


# EXAMPLE
#- name: Group name
# description: |
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4 changes: 2 additions & 2 deletions _data/formacion.yml
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Expand Up @@ -34,7 +34,7 @@ cursos:
naturalistauy:
reverse: false
height: 50vh
title: Taller de NaturalistaUY
title: Taller de NaturalistaUY GBS
preTitle: Biodiversidata y JULANA
description: | # required
La GBS es un evento global en el cual personas de diferentes regiones del hemisferio sur se reúnen durante 3 días para registrar la biodiversidad que les rodea a través de la plataforma iNaturalist.
Expand All @@ -58,7 +58,7 @@ cesp:
description: | # required
El objetivo de este ciclo de formación fue aumentar la disponibilidad de datos de biodiversidad de alta calidad de la comunidad hispano hablante a través de la red GBIF.
background: https://inaturalist-open-data.s3.amazonaws.com/photos/178012312/original.jpeg
href: recursos/formacion/cesp
href: cesp
imageLicense: |
*Mimus saturninus* observed in Uruguay by Florencia Grattarola licensed under [CC BY](http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/) via [iNaturalist](https://www.gbif.org/occurrence/3466083961)
cta:
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15 changes: 15 additions & 0 deletions _data/sidenav.yml
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@@ -0,0 +1,15 @@
terms:
- grouptitle: Group name
content:
- title: Some page
path: /some/location
- grouptitle: New group
content:
- title: A page goes here
path: /examples/test
- title: Something
path: /examples/something
- sectiontitle: Deep
section:
- title: Nested page
path: /examples/nester
6 changes: 3 additions & 3 deletions acerca-de/ciencia-abierta.md
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Expand Up @@ -24,10 +24,10 @@ El proyecto [PARSEC](https://parsecproject.org){:target="_blank"}, generó una s

### Maximizá tu visibilidad

1. **Presencia digital**: Conectar su investigación a sus datos, software e institución es una forma de hacer que su trabajo pueda ser encontrado por posibles colaboradores y socios, y recibir crédito cuando otros utilicen su trabajo. [[checklist de presencia digital](https://data.agu.org/resources/digital-presence){:target="_blank"}]
2. **Derivados de investigación citables**: Es importante planificar la creación, la gestión, el almacenamiento y la conservación necesarios para compartir sus datos y otros derivados de sus investigación, de modo que esta contribución pueda ser reconocida. [[checklist para documentar y citar datos](https://doi.org/10.5281/zenodo.7062403){:target="_blank"}] / [[checklist para documentar y citar software](https://doi.org/10.5281/zenodo.7062414){:target="_blank"}]
1. **Presencia digital**: Conectar tu investigación a tus datos, código e institución es una forma de hacer que tu trabajo pueda ser encontrado por potenciales colaboradores y socios, y recibir crédito cuando otros utilicen su trabajo. [[checklist de presencia digital](https://data.agu.org/resources/digital-presence){:target="_blank"}]
2. **Derivados de investigación citables**: Es importante planificar la creación, la gestión, el almacenamiento y la preservación necesarios para compartir tus datos y otros derivados de investigación, de modo que tu contribución pueda ser reconocida. [[checklist para documentar y citar datos](https://doi.org/10.5281/zenodo.7062403){:target="_blank"}] / [[checklist para documentar y citar software](https://doi.org/10.5281/zenodo.7062414){:target="_blank"}]
3. **Reconocimiento de la contribución de otras personas**: Reconocer la contribución de otras personas e identificar sus diferentes roles en la producción científica es clave como incentivo en la ciencia abierta. [[taxonomía CRediT](https://credit.niso.org/){:target="_blank"}]
4. **Uso de identificadores persistentes**: Los identificadores persistentes (PID) permiten referenciar a un documento, archivo, página web u otro objeto digital. Al vincularlos entre sí, hace que su trabajo pueda ser encontrado más fácilmente y mejora la trazabilidad de la investigación conectando personas, instituciones y derivados de las actividades de investigación. [[ORCID](https://orcid.org){:target="_blank"}] / [[ROR](https://ror.org){:target="_blank"}] /[[DOI](https://www.doi.org){:target="_blank"}]
4. **Uso de identificadores persistentes**: Los identificadores persistentes (PID) permiten referenciar a un documento, archivo, página web u otro objeto digital. Al vincularlos entre sí, hacés que tu trabajo pueda ser encontrado más fácilmente y mejora la trazabilidad de la investigación conectando personas, instituciones y derivados de las actividades de investigación. [[ORCID](https://orcid.org){:target="_blank"}] / [[ROR](https://ror.org){:target="_blank"}] /[[DOI](https://www.doi.org){:target="_blank"}]

## Guías y recomendaciones para compartir tus datos

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6 changes: 3 additions & 3 deletions acerca-de/naturalistauy.md
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Expand Up @@ -17,7 +17,7 @@ composition:

## La plataforma de ciencia comunitaria del Uruguay

[iNaturalist](https://www.inaturalist.org/){:target="_blank"} es una de las plataformas digitales globales de ciencia comunitaria más importantes del mundo y [NaturalistaUY](https://naturalista.uy){:target="_blank"} es nuestro portal nacional en Uruguay que fue lanzado oficialmente en diciembre del 2021 en el Centro Cultural España de Montevideo ([mirá el video](https://www.youtube.com/live/4YIEEYCUf8Q?feature=share)).
[iNaturalist](https://www.inaturalist.org/){:target="_blank"} es una de las plataformas digitales globales de ciencia comunitaria más importantes del mundo y [NaturalistaUY](https://naturalista.uy){:target="_blank"} es nuestro portal nacional en Uruguay. Fue lanzado oficialmente en diciembre del 2021 en el Centro Cultural España de Montevideo ([mirá el video](https://www.youtube.com/live/4YIEEYCUf8Q?feature=share)).

La creación de NaturalistaUY se da en el marco del trabajo de Biodiversidata con la premisa de que la información sobre biodiversidad no sólo es limitada para la investigación científica si no también para las personas y comunidades que habitan los territorios.

Expand All @@ -28,13 +28,13 @@ NaturalistaUY es impulsada en colaboración con [JULANA](https://julana.org), un

## ¿Por qué hacer ciencia comunitaria?

Contar con información sobre qué especies se registran dónde y cuándo puede ser sumamente útil para científicos, educadores, políticos, emprendedores turísticos y agrupaciones locales. Usando la plataforma, las personas pueden buscar qué especies se han registrado a su alrededor, conocer qué especies se encuentran en categorías de amenaza para la conservación y conocer si son especies nativas o exóticas.
Contar con información sobre qué especies se registran dónde y cuándo puede ser sumamente útil para científicos, educadores, políticos, emprendedores turísticos y agrupaciones locales. Usando la plataforma, las personas pueden explorar la biodiversidad de su entorno, conocer qué especies se encuentran en categorías de amenaza para la conservación y conocer si son nativas o exóticas.

Tanto a Biodiversidata como a JULANA les preocupa e interesa promover el uso y la apropiación de los datos generados, más allá de la recolección de estos. En Biodiversidata, específicamente, nos interesa promover el uso de los datos que provienen de la ciencia comunitaria en la investigación científica.

## ¿Cómo funciona?

NaturalistaUY permite a sus usuarios aportar observaciones de cualquier organismo vivo, o rastros del mismo, junto con metadatos espacio-temporales asociados (información sobre la localización y fecha del registro). Cuando una persona carga su registro, la plataforma le brinda una sugerencia automatizada sobre la posible identificación taxonómica del animal, planta u hongo que está siendo observado. Las identificaciones son luego verificadas por la comunidad de usuarios en NaturalistaUY llegando así a una "**ID de la comunidad**". Una observación luego se considera con "**Grado de Investigación**" cuando cumple con los criterios de calidad de los metadatos del sitio y tiene dos o más identificaciones sugeridas, más de dos tercios de las cuales coinciden a nivel de especie. Esta comunidad en línea que colabora con identificaciones y con la curaduría de los datos está compuesta de personas de Uruguay, la región y de todo el mundo. Otro de los usos de la plataforma es para explorar registros y grupos taxonómicos que se encuentran en Uruguay y alrededor del mundo.
NaturalistaUY permite a sus usuarios aportar observaciones de cualquier organismo vivo, o rastros del mismo, junto con metadatos espacio-temporales asociados (información sobre la localización y fecha del registro). Cuando una persona carga su registro, la plataforma le brinda una sugerencia automatizada sobre la posible identificación taxonómica del animal, planta u hongo que está siendo observado. Las identificaciones son luego verificadas por la comunidad de usuarios en NaturalistaUY llegando así a una "**ID de la comunidad**". Una observación luego se considera con "**Grado de Investigación**" cuando cumple con los criterios de calidad de los metadatos del sitio y tiene dos o más identificaciones sugeridas, más de dos tercios de las cuales coinciden a nivel de especie. Esta comunidad en línea que colabora con identificaciones y con la curaduría de los datos está compuesta de personas de Uruguay, la región y de todo el mundo.

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<iframe width="800" height="450" src="https://www.youtube.com/embed/8ISqZk7m4yg?controls=0" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture; web-share" allowfullscreen></iframe>
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9 changes: 8 additions & 1 deletion acerca-de/nuestra-historia.md
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Expand Up @@ -98,4 +98,11 @@ La elección de los tres sitios en donde se realizaron los eventos fue en parte

### 2. Ampliación del conocimiento sobre la calidad de los datos de biodiversidad y su publicación en la comunidad hispanohablante

Este proyecto tuvo como objetivo aumentar la disponibilidad de datos de biodiversidad de alta calidad de la comunidad hispanohablante a través de la red de GBIF, a través de una serie de entrenamiento (en español) sobre calidad, limpieza y publicación de datos.
En Uruguay hasta el momento no existen cursos de formación en manejo y gestión de datos de biodiversidad ([Grattarola and Pincheira-Donoso, 2019](https://doi.org/10.3897/BISS.3.37715){:target="_blank"}). Evidenciando esta necesidad de capacitación de recursos humanos, nos sumamos al proyecto "Ampliando el conocimiento sobre la calidad y publicación de datos sobre biodiversidad en la comunidad hispano hablante".

Este proyecto tuvo como objetivo aumentar la disponibilidad de datos de biodiversidad de alta calidad de la comunidad hispanohablante a través de la red de GBIF, por medio de una serie de formación (en español) sobre calidad, limpieza y publicación de datos. Fue co-organizado por GBIF Argentina, VertNet y Biodiversidata, y contó con la participación de GBIF Colombia y GBIF Costa Rica.

Tanto las charlas como los talleres prácticos y todo el material generado para el curso están disponibles y se pueden acceder libremente.


[Curso CESP-GIBF](/recursos/formacion/cesp/){: .button .is-primary}
12 changes: 6 additions & 6 deletions acerca-de/que-datos-reunimos.md
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- type: heroImage
- type: pageMarkdown
- type: features
data: menu.gbif
data: contribute.gbif
---

## Los datos de Biodiversidata

Biodiversidata busca disponibilizar conjuntos de datos que documentan la presencia de organismos de diferentes especies en el territorio uruguayo.

En una primera instancia reunimos registros de presencia ([*occurrence records*](https://www.gbif.org/es/data-quality-requirements-occurrences){:target="_blank"}) de **tetrápodos** y **plantas vasculares** compartidos por integrantes de nuestra iniciativa, además de registros provenientes de referencias bibliográficas y de bases de datos online.
En una primera etapa reunimos registros de presencia ([*occurrence records*](https://www.gbif.org/es/data-quality-requirements-occurrences){:target="_blank"}) de **tetrápodos** y **plantas vasculares** compartidos por integrantes de nuestra iniciativa, además de registros provenientes de referencias bibliográficas y de bases de datos online.

Estos datos fueron alojados en el repositorio **Zenodo** y pueden encontrarse en nuestro menú de [**Recursos**](/recursos/bases-de-datos/){:target="_blank"}. A su vez, una parte de los mismos (aquellos compartidos por nuestros integrantes) fue también publicada en **GBIF**. Estos datos pueden explorarse en el menú de [**Datos**](http://127.0.0.1:4000/datos/buscar/?publishingOrg=862f7ec3-3134-4dce-ab5a-03c81f54bd72&view=MAP){:target="_blank"}. Biodiversidata también promueve el uso de la plataforma de ciencia comunitaria **NaturalistaUY** (iNaturalist en Uruguay). Los datos cargados a través de esta iniciativa que hayan alcanzado [Grado de Investigación](https://www.naturalista.uy/pages/ayuda+uy#observations-quality){:target="_blank"} y tengan licencias CC0, CC BY, o CC-BY NC, son exportados a GBIF con una frecuencia semanal. Estos datos también pueden explorarse en el menú de [**Datos**](http://127.0.0.1:4000/datos/buscar/?publishingOrg=28eb1a3f-1c15-4a95-931a-4af90ecb574d&view=MAP){:target="_blank"}.
Estos datos fueron alojados en el repositorio **Zenodo** y pueden encontrarse en nuestro menú de [**Recursos**](/recursos/bases-de-datos/){:target="_blank"}. A su vez, una parte de ellos (los compartidos por nuestros integrantes y los obtenidos de la literatura) fue también publicada en **GBIF**. Estos datos pueden explorarse en el menú de [**Datos**](http://127.0.0.1:4000/datos/buscar/?publishingOrg=862f7ec3-3134-4dce-ab5a-03c81f54bd72&view=MAP){:target="_blank"}. Biodiversidata también promueve el uso de la plataforma de ciencia comunitaria **NaturalistaUY** (iNaturalist en Uruguay). Los datos cargados a través de esta iniciativa que hayan alcanzado [Grado de Investigación](https://www.naturalista.uy/pages/ayuda+uy#observations-quality){:target="_blank"} y tengan licencias CC0, CC BY, o CC-BY NC, son exportados a GBIF con una frecuencia semanal. Estos datos también pueden explorarse en el menú de [**Datos**](http://127.0.0.1:4000/datos/buscar/?publishingOrg=28eb1a3f-1c15-4a95-931a-4af90ecb574d&view=MAP){:target="_blank"}.

## Datos primarios de biodiversidad

Expand All @@ -30,17 +30,17 @@ Los datos primarios son aquellos que cuentan con información sobre:
- La **localización geográfica**
- La **fecha** de colecta u observación

Para sumar conjuntos de datos a Biodiversidata precisamos de los datos pero también de los metadatos.
Para sumar conjuntos de datos a Biodiversidata precisamos de los datos pero también de los metadatos (que describen a los datos).

### Datos

+ Nuestros conjuntos de datos son registros de presencia (*occurrence records*) que reúnen evidencia de la presencia de una especie (u otro taxón) en un lugar particular en una fecha específica. Para documentar cada registro, usamos cerca de 50 campos de datos que siguen el [Estándar Darwin Core](https://dwc.tdwg.org/){:target="_blank"}.
+ Nuestros conjuntos de datos son registros (*occurrence records*) que reúnen evidencia de la presencia de una especie (u otro taxón) en un lugar particular en una fecha específica. Para documentar cada registro, usamos cerca de 50 campos de datos que siguen el [Estándar Darwin Core](https://dwc.tdwg.org/){:target="_blank"}.

[Campos de datos](https://github.com/biodiversidata/rBiodiversidata/blob/df1a6483c38d2a9a2f00c1d4b6a3aa4e5347f66c/Useful%20files/biodiversidata_terms_DwC.csv){: .button .is-primary}{:target="_blank"}


### Metadatos (los datos de los datos)

+ Los archivos con metadatos proporcionan una descripción de todos los detalles relevantes de nuestros conjuntos de datos y permiten comprenderlos. Generalmente incluyen información respecto al contexto científico subyacente a los datos, así como quién recolectó los datos, por qué se recopilaron, dónde, cuándo y cómo. Nuestros siguen el [Estándar EML](https://eml.ecoinformatics.org/){:target="_blank"} (Ecological Metadata Language). Para llenar los metadatos a publicar en GBIF hemos generado un modelo para facilitar el proceso.
+ Los archivos con metadatos proporcionan una descripción de todos los detalles relevantes de nuestros conjuntos de datos y permiten comprenderlos. Generalmente incluyen información respecto al contexto científico subyacente a los datos, así como quién los recolectó, por qué se recopilaron, dónde, cuándo y cómo. Nuestros datos (así como los de GBIF) siguen el [Estándar EML](https://eml.ecoinformatics.org/){:target="_blank"} (Ecological Metadata Language). Para llenar los metadatos a publicar en GBIF hemos generado un modelo para facilitar el proceso.

[Modelo de metadatos](https://github.com/bienflorencia/rBiodiversidata/blob/f93a6c97fa56c28d7645ee49ae491ef62fef8754/Useful%20files/Modelo_Metadata.md){: .button .is-primary}{:target="_blank"} [Descargá el arhcivo .docx](https://github.com/bienflorencia/rBiodiversidata/raw/f93a6c97fa56c28d7645ee49ae491ef62fef8754/Useful%20files/Modelo_Metadata.docx){: .button }{:target="_blank"}

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