[PT-BR] Cálculos de conectividade usando Omniscape.jl

Métodos

1. Instalar Julia no computador local: https://julialang.org/downloads/
2. Declarar no terminal quantos núcleos serão usados quando usar julia

export JULIA_NUM_THREADS=12

3. Instalar Omniscape desde Julia

using Pkg; Pkg.add("Omniscape")

4. Adicionar a camada de resistência na pasta onde será rodado Omniscape (no exemplo aqui test_area.tif)
5. Criar um arquivo .INI com os parâmetros para rodar. Aqui: Um exemplo (test.INI) com parâmetros default. Ver a documentação!

[Required]
resistance_file = test_area.tif
radius = 100
block_size = 5
project_name = output/example

[General options]
source_from_resistance = true
r_cutoff = 50
calc_normalized_current = true

parallelize = true
parallel_batch_size = 12

[Output options]
write_raw_currmap = true

6. Rodar Omniscape desde Julia

using Omniscape
run_omniscape("test.INI")

Referências

• Repo de Omniscape: https://github.com/Circuitscape/Omniscape.jl

• Citação de Omniscape:

Landau, V.A., V.B. Shah, R. Anantharaman, and K.R. Hall. 2021. Omniscape.jl: Software to compute omnidirectional landscape connectivity. Journal of Open Source Software, 6(57), 2829.

McRae, B. H., K. Popper, A. Jones, M. Schindel, S. Buttrick, K. R. Hall, R. S. Unnasch, and J. Platt. 2016. Conserving Nature’s Stage: Mapping Omnidirectional Connectivity for Resilient Terrestrial Landscapes in the Pacific Northwest. The Nature Conservancy, Portland, Oregon.