Scope: This proyect aims to bla bla bla
- source incluye todos los archivos ejecutables, y codigos a utilizar en el proyecto. Eg.
.py,.r,.rmd. Incluye ademasruntime.sh, con las instrucciones SBATCH para ejecución en el cluster. - data incluye todos los modelos
.jsony tablas con valores de metabolitos y reacciones para los analisis. - results incluye todos los modelos de redes
.gephxpara analisis, tablas.tsv, y objetos.pickley.rdsintermedios. - doc incluye los
.md(y posiblemente).rmdusados para la publicación.- img incluye las figuras generadas.
.png,.svgo demás, que se incluyan en la publicación.
- img incluye las figuras generadas.
El proyecto no es aun publico, por lo que no se incluye una documentación aparte de los README.md y docstrings presentes en el código. Eventualmente incluir una documentación via Github Pages.
Los achivos marcados como tmp.* son excluidos, en base a que sean archivos borrador.
Incluye omisión de proyectos de RStudio (.RData. .Rhistory, ...); y finalmente archivos de claves .pem como precaución.
De Martino, Daniele, Anna MC Andersson, Tobias Bergmiller, Călin C. Guet, y Gašper Tkačik. 2018. «Statistical Mechanics for Metabolic Networks during Steady State Growth». Nature Communications 9 (1): 2988. https://doi.org/10.1038/s41467-018-05417-9.