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rmsd-from-Ttraj_md.x
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#!/bin/bash
TEMPLIST=`cat temperatures.dat`
## AQUI EU ESTOU GERANDO, A PARTIR DOS rend_00x.Ttraj.TEMP, usando os .PARMS, os NCDF TOTAL PARA CADA TEMPERATURA!!!
#for ext in 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 ; do
# rm remd_total_Ttraj.$ext.ncdf
# for co in 001 002 003 004 005 006 ; do
# cpptraj $1.prmtop << EOF
# trajin remd_$co.ncdf.$ext
# parm $2
# reference $2 parm $2 [pdb-file]
# trajout remd_total_Ttraj.$ext.pdb pdb append
# go
#EOF
# done
#done
AQUI CALCULO OS RMSDS PARA CADA TEMPERATURA !
for ext in 001 002 003 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 ; do
rm rmsd-total_Ttraj_$3-$4.$ext.dat
rm rmsd-total_Ttraj_$3-$4_CA.$ext.dat
cpptraj $1.prmtop << EOF
trajin remd_total.$ext.pdb #para cada uma das trajetorias
parm $2
reference $2 parm $2 [pdb-file]
rms remd_total.$ext.pdb ref [pdb-file] :$3-$4@CA,C,N :$3-$4@CA,C,N out rmsd-total_Ttraj_$3-$4.$ext.dat
EOF
cpptraj $1.prmtop << EOF
trajin remd_total.$ext.pdb #para cada uma das trajetorias
parm $2
reference $2 parm $2 [pdb-file]
rms remd_total.$ext.pdb ref [pdb-file] :$3-$4@CA :$3-$4@CA out rmsd-total_Ttraj_$3-$4_CA.$ext.dat
EOF
done