/
generate_pdb_total.x
37 lines (26 loc) · 1.01 KB
/
generate_pdb_total.x
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
#!/bin/bash
TEMPLIST=`cat temperatures.dat`
## AQUI EU ESTOU GERANDO, A PARTIR DOS rend_00x.Ttraj.TEMP, usando os .PARMS, os NCDF TOTAL PARA CADA TEMPERATURA!!!
for ext in $TEMPLIST ; do ## TEM QUE DIMINUIR A ENTRADA 002 , por isso estou fazendo tudo isso
cp remd_002.Ttraj.$ext remd_002.Ttraj.$ext.backup
rm remd_002.Ttraj.$ext
cpptraj $1.prmtop << EOF
trajin remd_002.Ttraj.$ext.backup 1 last 2
parm $2
reference $2 parm $2 [pdb-file]
trajout remd_002.Ttraj.$ext append
go
EOF
done
for ext in $TEMPLIST ; do
rm remd_total_Ttraj.$ext.pdb
for co in 001 002 003 004 005 006 ; do
cpptraj $1.prmtop << EOF
trajin remd_$co.Ttraj.$ext
parm $2
reference $2 parm $2 [pdb-file]
trajout remd_total_Ttraj.$ext.pdb pdb append
go
EOF
done
done