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[128] add caiman multisession cell extraction #584

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ReiHashimoto opened this issue Oct 23, 2023 · 0 comments
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[128] add caiman multisession cell extraction #584

ReiHashimoto opened this issue Oct 23, 2023 · 0 comments

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@ReiHashimoto
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Collaborator

https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/demos/notebooks/demo_multisession_registration.ipynb

input

  • (1) sparse行列(csc_matrix)のリスト
    • caiman_cnmfのestimates.Aを利用
    • 現状NWBに保持されていないため、cnmf, cnmfeの際にNWBへ保存する必要がある
    • scipy.sparseに対応するデータクラスを追加する
  • (2) cell imageのリスト
    • meag_imgなど
    • ImageData型として受ける

いずれもリストで受け取る必要があるため、複数のinputノードを受け付け可能な仕様にする必要がある。
基本的には同一データ型のものを同じコネクタに複数連結する。
(1), (2)で入力順序の対応関係が一致するようにする必要があるが、これはファイル名昇順でそれぞれのデータ型のファイルをソートした際の同一の順序のもの同士が対応しているとみなす。

HDF5ファイルノードが複数データを受付け可能な仕様になっていないため、改修する。
(studio/app/common/core/rules/file_writer.py hdf5)

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