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configuracion_de_las_fases.rmd
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configuracion_de_las_fases.rmd
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title: 'Tarea: Archivos de configuración DM'
---
***
```{r setup, include=FALSE}
library(DiagrammeR)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# Archivos de configuración de Dinámica Molecular
**<mark>Archivos de configuración para realizar la DM con Amber</mark>**
## Objetivos
- 1️⃣ Revisar los **archivos de configuración** que definen el comportamiento de la ejecución de dinámica molecular con Amber.
- 2️⃣ **Describir** brevemente los **parámetros utilizados** dentro de cada archivo de configuración.
- 3️⃣ **Responder un cuestionario** sobre las propiedades de la dinámica de acuerdo a los siguientes archivos de configuración.
## Instrucciones
1. Descarga los **archivos de configuración** correspondientes a las siguientes fases de simulación:
a) [min_all.in](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/md/min_all.in) -> Minimización de la energía potencial del sistema.
b) [heat.in](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/md/heat.in) -> Calentamiento del sistema.
c) [eq.in](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/md/eq.in) -> Equilibrado del sistema.
d) [prod.in](https://raw.githubusercontent.com/jRicciL/Taller_Simulacion_Molecular/master/resurces/md/prod.in) -> Fase de producción de la dinámica molecular.
2. 🚨 Utilizando el [manual de Amber](https://ambermd.org/doc12/Amber19.pdf), búsca cada uno de los comandos usados en cada fase y **<mark>comenta brevemente qué hace cada uno</mark>** (ver ejemplo del comentario más abajo).
> Puedes usar `Ctrl+F` y/o el Índice a partir de la página 949 del [manual de Amber](https://ambermd.org/doc12/Amber19.pdf).
3. **Responde las preguntas del cuestionario mostrado al final.**
4. <mark>📆 Fecha límite para responder el cuestionario es el jueves 4 de marzo a las 24:00 horas.</mark>
***
## Fase 1: Minimización de la energía potencial del sistema
<div style="background-color: #F9E5AB; min-height: 10px"></div>
```{#numCode .R .numberLines}
# Ejemplo de ejecución de la fase de minimización
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O \
-i min_solv.in \ # Archivo de configuración
-p sistema.prmtop \ # Parámetros del FF
-c sistema.rst7 \ # Coordenadas iniciales del sistema
-ref sistema.rst7 \ # Coordenadas de referencia (mismas que -r)
-o sistema_MIN.out \ # Archivo de salida (propiedades físicas del sistema)
-r sistema_MIN.rst7 \ # Archivo restart al finalizar (coords)
-inf sistema_MIN.mdinfo # Información de la ejecución
```
```{r, echo=FALSE}
mermaid("
graph LR
A(min_all.in)--> |Configuración|B(AMBER-pmed.cuda)
C(sistema.prmtop)--> |Parámetros|B
D(sistema.rst7)--> |Coordenadas|B
B --> |Coordenadas|E(sistema_MIN.rst7)
B --> |Propiedades del sistema|F(sistema_MIN.out)
B --> |Info. ejecución|G(sistema_MIN.mdinfo)
class A, B mermaid_class;
", height = '80%', width = '100%')
```
### Archivo de configuración
La línea 4 muestra un ejemple de comentario. Los comentarios empiezan con el símbolo `!`.
```{#numCode .R .numberLines}
cat min_all.in
```
```{#numCode .R .numberLines}
Fase de minimizacion de todo el sistema
System minimization:
&cntrl
imin=1, ! =1, llevar a cabo minimizacion del sistema
ntmin=1, ! Comentario
ncyc=2500, ! Comentario
maxcyc=50000, ! Comentario
drms=0.01, ! Comentario
ntx=1, ! Comentario
irest=0, ! Comentario
ntpr=100, ! Comentario
ntwr=100, ! Comentario
iwrap=0, ! Comentario
ntf=1, ! Comentario
igb=0, ! Comentario
ntb=1, ! Comentario
nsnb=20, ! Comentario
cut=10.0, ! Comentario
&end
/
```
***
## Fase de Calentamiento
<div style="background-color: #F9E5AB; min-height: 10px"></div>
```{#numCode .R .numberLines}
# Ejemplo de ejecución de la fase de calentamiento
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O \
-i heat.in \ # Archivo de configuración
-p sistema.prmtop \ # Parámetros del FF
-c sistema_MIN.rst7 \ # Coordenadas iniciales del sistema (desde la MIN)
-o sistema_HEAT.out \ # Archivo de salida
-r sistema_HEAT.rst7 \ # Archivo restart al finalizar (coords y velocidades)
-x sistema_HEAT.nc \ # Archivo de la trayectoria (mrcd)
-inf sistema_HEAT.mdinfo # Información de la ejecución
```
```{r, echo=FALSE}
mermaid("
graph LR
A(min_all.in)--> |Configuración|B(AMBER-pmed.cuda)
C(sistema.prmtop)--> |Parámetros|B
D(sistema_MIN.rst7)--> |Coordenadas|B
B --> |Coordenadas|E(sistema_HEAT.rst7)
B --> |Propiedades del sistema|F(sistema_HEAT.out)
B --> |Trayectoria|H(sistema_HEAT.nc)
B --> |Info. ejecución|G(sistema_HEAT.mdinfo)
class A, B mermaid_class;
", height = '80%', width = '100%')
```
### Archivo de configuración
La línea 10 muestra un ejemple de comentario. Los comentarios empiezan con el símbolo `!`.
```{#numCode .R .numberLines}
cat heat.in
```
```{#numCode .R .numberLines}
&cntrl
imin=0, !
irest=0, !
iwrap=1, !
ntx=1, !
ntb=1, !
cut=10.0, !
ntc=2, !
ntf=2, !
ntt=3, ! Tipo de termostato a utilizar; =3 Langevin
tempi=0.0, !
temp0=310.0, !
gamma_ln=1.0, !
dt=0.001, !
nstlim=3000000, !
ntpr=10000, !
ntwx=10000, !
ntwr=100000, !
/
```
***
## Fase de Equilibrado
<div style="background-color: #F9E5AB; min-height: 10px"></div>
```{#numCode .R .numberLines}
# Ejemplo de ejecución de la fase de equilibrado
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O \
-i heat.in \ # Archivo de configuración
-p sistema.prmtop \ # Parámetros del FF
-c sistema_HEAT.rst7 \ # Coordenadas iniciales del sistema (desde la HEAT)
-o sistema_EQ.out \ # Archivo de salida
-r sistema_EQ.rst7 \ # Archivo restart al finalizar (coords y velocidades)
-x sistema_EQ.nc \ # Archivo de la trayectoria (mrcd)
-inf sistema_EQ.mdinfo # Información de la ejecución
```
```{r, echo=FALSE}
mermaid("
graph LR
A(min_all.in)--> |Configuración|B(AMBER-pmed.cuda)
C(sistema.prmtop)--> |Parámetros|B
D(sistema_HEAT.rst7)--> |Coordenadas|B
B --> |Coordenadas|E(sistema_EQ.rst7)
B --> |Propiedades del sistema|F(sistema_EQ.out)
B --> |Trayectoria|H(sistema_EQ.nc)
B --> |Info. ejecución|G(sistema_EQ.mdinfo)
class A, B mermaid_class;
", height = '80%', width = '100%')
```
### Archivo de configuración
```{#numCode .R .numberLines}
cat eq.in
```
```{#numCode .R .numberLines}
Fase de Equilibrado
&cntrl
irest=1, !
imin=0, !
iwrap=1, ! =1, realiza un wrap en favor de la visualización
ntx=5, !
ntb=2, ! =2, conglomerado NPT
pres0=1.0, !
ntp=1, !
taup=2.0, !
cut=10.0, !
ntc=2, !
ntf=2, !
temp0=310.0, !
ntt=3, !
gamma_ln=1.0, !
nstlim=2500000, !
dt=0.002, !
ntpr=10000, !
ntwx=10000, !
ntwr=100000, !
&end
/
```
***
## Fase de Producción
<div style="background-color: #F9E5AB; min-height: 10px"></div>
```{#numCode .R .numberLines}
# Ejemplo de ejecución de la fase de equilibrado
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O \
-i heat.in \ # Archivo de configuración
-p sistema.prmtop \ # Parámetros del FF
-c sistema_EQ.rst7 \ # Coordenadas iniciales del sistema (desde EQ)
-o sistema_PROD.out \ # Archivo de salida
-r sistema_PROD.rst7 \ # Archivo restart al finalizar (coords y velocidades)
-x sistema_PROD.nc \ # Archivo de la trayectoria (mrcd)
-inf sistema_PROD.mdinfo # Información de la ejecución
```
```{r, echo=FALSE}
mermaid("
graph LR
A(min_all.in)--> |Configuración|B(AMBER-pmed.cuda)
C(sistema.prmtop)--> |Parámetros|B
D(sistema_EQ.rst7)--> |Coordenadas|B
B --> |Coordenadas|E(sistema_PROD.rst7)
B --> |Propiedades del sistema|F(sistema_PROD.out)
B --> |Trayectoria|H(sistema_PROD.nc)
B --> |Info. ejecución|G(sistema_PROD.mdinfo)
class A, B mermaid_class;
", height = '80%', width = '100%')
```
### Archivo de configuración
```{#numCode .R .numberLines}
cat prod.in
```
```{#numCode .R .numberLines}
Fase de Producción
&cntrl
imin=0, !
irest=1, ! =1, se continúa con una trayectoria
iwrap=1, !
ntx=5, !
ntb=2, !
pres0=1.0, !
ntp=1, !
taup=2.0, !
cut=10.0, !
ntc=2, !
ntf=2, !
temp0=310.0, !
ntt=3, !
gamma_ln=1.0, !
nstlim=10000000,!
dt=0.002, !
ntpr=10000, !
ntwx=10000, !
ntwr=100000, !
&end
/
```
***
<!-->
# Cuestionario (21 preguntas)
**Responde las preguntas del siguiente cuestionario.** Las preguntas están relacionadas con los archivos de configuración mostrados arriba y el significado de los parámetros usados.
> 🚨 El cuestionario está dividido en **cuatro secciones** según las fases de la dinámica. Las preguntas dentro de cada sección hacen referencia a la fase correspondiente.
<iframe src="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSejRrmGGhKppqshNFE0e_U7WsPOfHF-Al3nesgGKumjtIZAwQ/viewform?embedded=true" width="720" height="800" frameborder="0" marginheight="0" marginwidth="0">Cargando…</iframe>
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