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SnpSift filter #27
Comments
Ok ! Tu as besoin de ce champs "filter out" dans ton projet ? |
non je passe à travers le billet pour essayer de le reproduire et je constate que chez moi ca ne fonctionne pas de la même façon. j'ai utilisé cette commande pour pouvoir voir les 2 colonnes: |
c'est juste un commentaire pas un véritable problème. L'issue peut être fermée. |
Ok, je vais voir de mon coté ! Merci en tt cas! J'espère que tu as réussi à reproduire le reste . |
Oui oui c'est vraiment bien |
Bonjour
Cette commande semble enlever ('filter out') le contenu du fichier SRR13182925.ann.vcf.
SnpSift filter "(exists ANN[0].HGVS_P)" > SRR13182925.ann.vcf
Elle se trouve dans ce fichier: blog/content/covid_ngs.md
Il n'y en a peut être pas besoin. Cette commande seule marche bien:
SnpSift extractFields - "ANN[0].HGVS_P" "ANN[0].GENE"
Julien
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