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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
LGN 5830 - Biometria de Marcadores Genéticos |
INTRODUÇÃO |
Antonio Augusto Franco Garcia (http://augustogarcia.me) |
Departamento de Genética, ESALQ/USP (2019) |
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- Antonio Augusto Franco Garcia
- Kaio Graças Dias
- Letícia Castro Lara
- Rafael Nalin
- Gabriel Gesteira
- Jhonathan Pedroso
- Cristiane Taniguti
- Fale algo a seu respeito!
- Buscamos excelência, alto nível de entendimento
- Literatura internacional
- Genética Estatística (Statistical Genetics)
Biometria de Marcadores Genéticos
- Mapas Genéticos
- Tipos de marcadores: tradicionais e SNPs
- Tipos de populações: RC,
$F_2$ , RILs, "outcrossing", DIII - Teste da segregação mendeliana
- Análise de ligação (dois pontos, três pontos e multiponto)
- Ordenação de locos
- Mapeamento de QTL's
- Análise de marcas individualmente
- Mapeamento por Intervalo
- Mapeamento por Intervalo Composto
- Interação QTL x E
- Mapeamento para Múltiplos Caracteres
- Mapeamento de Múltiplos Intervalos
- Modelos mistos e mapeamento
- Mapeamento Associativo
- Desequilíbrio de Ligação
- Estrutura Populacional
- Modelos de GWAS
- Seleção Genômica
- Fundamentos
- GBLUP
- RRBLUP
- Programas Principais
- R
- OneMap
- R/qtl
- Vários outros
- USP, UNICAMP, IAC, EMBRAPA
- CIAT, UC Davis, North Carolina State University, Duke University, Purdue University, Summer Institute in Statistical Genetics (UW), Kansas State Universiy, Universidad del Vale (Colombia), University of Missouri, UC Irvine, Chinese Academy of Fishery Sciences, Universidad de la Republica (Uruguay), USDA, University of California, Universitaet Hohenheim (Stuttgart, Germany), University of Texas, Technische Universität München, University of Stirling (Scotland), China Agriculture University, University of Georgia, New Zealand Institute for Plant and Food Research, University of Edinburgh, Université catholique de Louvain (Belgium), University of Oregon, Illinois State University, Orissa University of Agriculture and Technology (India), University of Chicago, CRA-GPG - Genomic Research Center, ...
- Augustanis, Gabrieles, Marcelitcho
- CRAN
- Purdue University
- Summer Institute in Statistical Genetics (Seattle, USA; Piracicaba, SP, Brazil).
- OneMap, versão experimental no github
- Usaremos ferramentas que permitem isso
- Dados experimentais (vídeos, etc)
- Web
- Códigos para analisar os dados
- Você arruma sua casa antes de receber visitas?
- Você gostaria que alguém repetisse as análises que você fez na sua tese?
- E nos artigos já publicados?
- Emacs + R +
$BibTex$ - RStudio: excelente
- Código fonte destes slides
- Slides interativos
- Monitores: disponíveis para ajudar
- Ensino Dedutivo vs Indutivo
- Deductive approach: General rule
$\rightarrow$ Specific examples$\rightarrow$ Practice - Inductive approach: Specific examples
$\rightarrow$ Practice$\rightarrow$ General rule
- Deductive approach: General rule
--- .segue .dark .quote
Tell me and I forget,
Teach me and I remember,
Involve me and I learn.
- Benjamin Franklin (1706-90)
- Responsabilidade: alunos produtivos, proativos, engajados
- Cientistas: eternos aprendizes
- Tablets, smartphones,
$\ldots$ - Internet ``Social''
- Meu Lab
- Grupo no WhatsApp (participe!)
- Fórum no Google Groups
- Lista de emails (enviarei convites)
- Mendeley
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- Sendo bem sincero, não é simples
- Poucos conceitos podem fazer uma grande diferença
- Listas de exercícios com prazos para entrega
- Não imprimir, mandar apenas em PDF para biometriamarcadores@gmail.com
- Use o Google Docs ou o
$LaTeX$ (Uôrdi queima o seu filme, mas é válido) - (Opção avançada: knitr com RStudio)
- Muitos exercícios serão respondidos no Fórum diretamente
- Formem grupos de trabalho, por afinidade, com até 4 pessoas
- Participe do grupo no WhatsApp
- Crie uma conta no Mendeley, configure seu perfil e adicione-me
- Crie uma conta no Gravatar e, obviamente, insira sua foto
- Inscreva-se no Fórum da disciplina
- Adicione-me no twitter: @aafgarci
- Use #biomarc nas postagens relacionadas à disciplina
- (Opcional: crie uma conta no github e adicione-me como contato)
print(sessionInfo(), locale = FALSE)## R version 3.5.2 (2018-12-20)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 18.04.2 LTS
##
## Matrix products: default
## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] ggplot2_3.1.0 slidify_0.5
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] Rcpp_1.0.0 knitr_1.21 whisker_0.3-2 magrittr_1.5
## [5] tidyselect_0.2.5 munsell_0.5.0 colorspace_1.4-0 R6_2.4.0
## [9] rlang_0.3.1 highr_0.7 stringr_1.4.0 plyr_1.8.4
## [13] dplyr_0.8.0.1 tools_3.5.2 grid_3.5.2 gtable_0.2.0
## [17] xfun_0.5 withr_2.1.2 assertthat_0.2.0 yaml_2.2.0
## [21] lazyeval_0.2.1 digest_0.6.18 tibble_2.0.1 crayon_1.3.4
## [25] purrr_0.3.1 codetools_0.2-16 glue_1.3.0 evaluate_0.13
## [29] labeling_0.3 stringi_1.3.1 compiler_3.5.2 pillar_1.3.1
## [33] scales_1.0.0 markdown_0.9 pkgconfig_2.0.2
--- bg:#fee6ce
OBRIGADO!