VectorPatch Compiling Errors #678

W-Wuxian · 2023-12-15T11:09:52Z

Description

Errors at Compile time.

Compiling src/picsar_interface/interface.cpp
src/Patch/VectorPatch.cpp: Dans la fonction membre « void VectorPatch::dynamics(Params&, SmileiMPI*, SimWindow*, RadiationTables&, MultiphotonBreitWheelerTables&, double, Timers&, int) »:
src/Patch/VectorPatch.cpp:353:10: erreur: redéclaration de « bool diag_PartEventTracing »
  353 |     bool diag_PartEventTracing {false};
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Patch/VectorPatch.cpp:334:10: note: « bool diag_PartEventTracing » précédemment déclaré ici
  334 |     bool diag_PartEventTracing {false};
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Patch/VectorPatch.cpp:356:42: erreur: « class SmileiMPI » n'a pas de membre nommé « reference_time »; vouliez-vous utiliser « reference_time_ » ?
  356 |         if (diag_PartEventTracing) smpi->reference_time = MPI_Wtime();
      |                                          ^~~~~~~~~~~~~~
      |                                          reference_time_
src/Patch/VectorPatch.cpp:335:12: attention: variable « reference_time » inutilisée [-Wunused-variable]
  335 |     double reference_time;
      |            ^~~~~~~~~~~~~~
src/Patch/VectorPatch.cpp: Dans la fonction membre « void VectorPatch::ponderomotiveUpdateSusceptibilityAndMomentum(Params&, SmileiMPI*, SimWindow*, double, Timers&, int) »:
src/Patch/VectorPatch.cpp:4352:38: erreur: « class SmileiMPI » n'a pas de membre nommé « reference_time »; vouliez-vous utiliser « reference_time_ » ?
 4352 |     if (diag_PartEventTracing) smpi->reference_time = MPI_Wtime();
      |                                      ^~~~~~~~~~~~~~
      |                                      reference_time_

Steps to reproduce the problem

module purge

module load python-3.10.13/3.10.13
module load gcc-13.2/13.2.0
module load openmpi/5.0.0/gcc/13.2
module load hdf5/1.14.3/openmpi/5.0.0/gcc/13.2

export HDF5_ROOT_DIR=/opt/apps/hdf5-1.12.0-openmpi/
export BUILD_DIR=/root/Smilei-4.8/Install_openmpi5000_gnucomp

make -j 4 config="omptasks part_event_tracing_tasks_on" machine=Cascadelake_gnu

Parameters

Smilei version:
V4.8.0
Input Machine file Cascadelake_gnu:
CXXFALGS += -O3 -march=cascadelake -mtune=cascadelake -ftree-vectorize -flto
LDFLAGS += -march=cascadelake -mtune=cascadelake
Commands or script used to run the faulty simulation ?
make -j 4 config="omptasks part_event_tracing_tasks_on" machine=Cascadelake_gnu
Computing resources
- type of computer
  4 x Intel® Xeon® Platinum 8260 Processor
- OS
  LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch Distributor ID: CentOS Description: CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) Release: 7.9.2009 Codename: Core
- C++ compiler (to get some information g++ --version)
  g++ (GCC) 13.2.0
- MPI version
  - mpic++ --version: g++ (GCC) 13.2.0
  - mpic++ -show: g++ -I/opt/apps/openmpi/5.0.0/gcc/13.2/include -pthread -L/opt/apps/openmpi/5.0.0/gcc/13.2/lib -Wl,-rpath -Wl,/opt/apps/openmpi/5.0.0/gcc/13.2/lib -Wl,--enable-new-dtags -lmpi
- HDF5 version h5pcc --version gcc (GCC) 13.2.0
- Python version python --version Python 3.11.5

The text was updated successfully, but these errors were encountered:

Z10Frank · 2023-12-15T12:26:43Z

Hello,
thank you for spotting this, I will soon push a fix for this compilation error.

Meanwhile, can you try changing smpi->reference_time to smpi->reference_time_ in the lines generating the error? At the start of the method void VectorPatch::dynamics, can you remove entirely this code block, then make clean and compile again?

#ifdef _PARTEVENTTRACING
    bool diag_PartEventTracing {false};
    double reference_time;
#endif

Task parallelisation is an experimental feature and unfortunately in case of related issues we will likely not progress rapidly because there are other more pressing developments to implement.

W-Wuxian · 2023-12-19T12:12:36Z

Using gcc/10.2.0 openmpi/5.0.0 HDF5/1.14.3 parallel and Python/3.10.13, then after applying your fix:

Dans le fichier inclus depuis src/Diagnostic/DiagnosticParticleList.h:4,
                 depuis src/Diagnostic/DiagnosticTrack.h:4,
                 depuis src/Species/Species.cpp:45:
src/Patch/VectorPatch.h: Dans la fonction membre « void VectorPatch::writeParticleEventTracingOutput(Params&, SmileiMPI*, int) »:
src/Patch/VectorPatch.h:117:44: attention: comparaison d'expressions entières de types signés différents: « int » et « std::vector<double>::size_type » {aka « long unsigned int »} [-Wsign-compare]
  117 |             for (int event_id = 0; event_id<smpi->particle_event_tracing_event_time_[ithread].size();event_id++){
      |                                    ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Dans le fichier inclus depuis src/Diagnostic/DiagnosticParticleList.h:4,
                 depuis src/Diagnostic/DiagnosticTrack.h:4,
                 depuis src/Species/Species.cpp:45:
src/Patch/VectorPatch.h:109:50: attention: paramètre « params » inutilisé [-Wunused-parameter]
  109 |     void writeParticleEventTracingOutput(Params &params, SmileiMPI *smpi, int iteration){
      |                                          ~~~~~~~~^~~~~~
src/Species/Species.cpp: Dans la fonction membre « virtual void Species::dynamicsTasks(double, unsigned int, ElectroMagn*, Params&, bool, PartWalls*, Patch*, SmileiMPI*, RadiationTables&, MultiphotonBreitWheelerTables&, int) »:
src/Species/Species.cpp:860:76: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
  860 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin]) depend(in:buffers_resized)
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:904:80: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
  904 |                 #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                                ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:945:88: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
  945 |                         #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:992:88: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
  992 |                         #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1033:65: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1033 |                     #pragma omp task default(shared) depend(out:bin_has_interpolated[0:(Nbins-1)])
      |                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1062:122: erreur: « Species::bin_has_pushed » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1062 |                     #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_interpolated[ibin]) depend(out:bin_has_pushed[ibin])
      |                                                                                                                          ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1062:83: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1062 |                     #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_interpolated[ibin]) depend(out:bin_has_pushed[ibin])
      |                                                                                   ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:850:13: attention: variable « buffers_resized » inutilisée [-Wunused-variable]
  850 |         int buffers_resized;
      |             ^~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1102:108: erreur: « Species::bin_has_done_particles_BC » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1102 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_pushed[ibin]) depend(out:bin_has_done_particles_BC[ibin])
      |                                                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1102:75: erreur: « Species::bin_has_pushed » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1102 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_pushed[ibin]) depend(out:bin_has_done_particles_BC[ibin])
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1155:129: erreur: « Species::bin_has_projected » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1155 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin,bin_size0) depend(in:bin_has_done_particles_BC[ibin]) depend(out:bin_has_projected[ibin])
      |                                                                                                                                 ^~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1155:85: erreur: « Species::bin_has_done_particles_BC » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1155 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin,bin_size0) depend(in:bin_has_done_particles_BC[ibin]) depend(out:bin_has_projected[ibin])
      |                                                                                     ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1227:88: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1227 |                         #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                                        ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1253:98: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1253 |                         #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin,bin_size0) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1263:50: attention: comparaison d'expressions entières de types signés différents: « int » et « unsigned int » [-Wsign-compare]
 1263 |                         for( int imode = 0; imode<params.nmodes; imode++ ) {
      |                                             ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1312:98: erreur: « Species::bin_has_projected » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 1312 |                         #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin,bin_size0) depend(out:bin_has_projected[ibin])
      |                                                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:1323:50: attention: comparaison d'expressions entières de types signés différents: « int » et « unsigned int » [-Wsign-compare]
 1323 |                         for( int imode = 0; imode<params.nmodes; imode++ ) {
      |                                             ~~~~~^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp: Dans la fonction membre « virtual void Species::ponderomotiveUpdateSusceptibilityAndMomentumTasks(double, ElectroMagn*, Params&, Patch*, SmileiMPI*, int) »:
src/Species/Species.cpp:2359:10: attention: variable « bin_has_interpolated » inutilisée [-Wunused-variable]
 2359 |     int *bin_has_interpolated                   = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2360:10: attention: variable « bin_has_projected_chi » inutilisée [-Wunused-variable]
 2360 |     int *bin_has_projected_chi                  = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp: Dans la fonction membre « virtual void Species::ponderomotiveUpdatePositionAndCurrentsTasks(double, unsigned int, ElectroMagn*, Params&, bool, PartWalls*, Patch*, SmileiMPI*, int) »:
src/Species/Species.cpp:2743:76: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2743 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(out:bin_has_interpolated[ibin])
      |                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2780:114: erreur: « Species::bin_has_pushed » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2780 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_interpolated[ibin]) depend(out:bin_has_pushed[ibin])
      |                                                                                                                  ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2780:75: erreur: « Species::bin_has_interpolated » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2780 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_interpolated[ibin]) depend(out:bin_has_pushed[ibin])
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2803:108: erreur: « Species::bin_has_done_particles_BC » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2803 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_pushed[ibin]) depend(out:bin_has_done_particles_BC[ibin])
      |                                                                                                            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2803:75: erreur: « Species::bin_has_pushed » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2803 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_pushed[ibin]) depend(out:bin_has_done_particles_BC[ibin])
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/Species.cpp:2842:75: erreur: « Species::bin_has_done_particles_BC » n'est pas une variable dans la clause « depend »
 2842 |             #pragma omp task default(shared) firstprivate(ibin) depend(in:bin_has_done_particles_BC[ibin])
      |                                                                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
make: *** [/opt/apps/smilei-4.8.0/issue/openmpi/5.0.0/gcc/10.2.0/src/Species/Species.o] Erreur 1
make: *** Attente des tâches non terminées....
Dans le fichier inclus depuis src/Diagnostic/DiagnosticParticleList.h:4,
                 depuis src/Diagnostic/DiagnosticTrack.h:4,
                 depuis src/Species/SpeciesV.cpp:37:
src/Patch/VectorPatch.h: Dans la fonction membre « void VectorPatch::writeParticleEventTracingOutput(Params&, SmileiMPI*, int) »:
src/Patch/VectorPatch.h:117:44: attention: comparaison d'expressions entières de types signés différents: « int » et « std::vector<double>::size_type » {aka « long unsigned int »} [-Wsign-compare]
  117 |             for (int event_id = 0; event_id<smpi->particle_event_tracing_event_time_[ithread].size();event_id++){
      |                                    ~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Dans le fichier inclus depuis src/Diagnostic/DiagnosticParticleList.h:4,
                 depuis src/Diagnostic/DiagnosticTrack.h:4,
                 depuis src/Species/SpeciesV.cpp:37:
src/Patch/VectorPatch.h:109:50: attention: paramètre « params » inutilisé [-Wunused-parameter]
  109 |     void writeParticleEventTracingOutput(Params &params, SmileiMPI *smpi, int iteration){
      |                                          ~~~~~~~~^~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp: Dans la fonction membre « virtual void SpeciesV::dynamicsTasks(double, unsigned int, ElectroMagn*, Params&, bool, PartWalls*, Patch*, SmileiMPI*, RadiationTables&, MultiphotonBreitWheelerTables&, int) »:
src/Species/SpeciesV.cpp:692:9: attention: variable « bin_size0 » inutilisée [-Wunused-variable]
  692 |     int bin_size0 = b_dim[0]; // used for AM
      |         ^~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:698:10: attention: variable « bin_has_interpolated » inutilisée [-Wunused-variable]
  698 |     int *bin_has_interpolated                   = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:699:10: attention: variable « bin_has_pushed » inutilisée [-Wunused-variable]
  699 |     int *bin_has_pushed                         = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:700:10: attention: variable « bin_has_done_particles_BC » inutilisée [-Wunused-variable]
  700 |     int *bin_has_done_particles_BC              = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp: Dans la fonction membre « virtual void SpeciesV::ponderomotiveUpdateSusceptibilityAndMomentumTasks(double, ElectroMagn*, Params&, Patch*, SmileiMPI*, int) »:
src/Species/SpeciesV.cpp:2011:10: attention: variable « bin_has_interpolated » inutilisée [-Wunused-variable]
 2011 |     int *bin_has_interpolated                   = new int[Nbins]; // the last element is used to manage the Multiphoton Breit Wheeler dependency
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:2012:10: attention: variable « bin_has_ionized » inutilisée [-Wunused-variable]
 2012 |     int *bin_has_ionized                        = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:2013:10: attention: variable « bin_has_projected_chi » inutilisée [-Wunused-variable]
 2013 |     int *bin_has_projected_chi                  = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp: Dans la fonction membre « virtual void SpeciesV::ponderomotiveUpdatePositionAndCurrentsTasks(double, unsigned int, ElectroMagn*, Params&, bool, PartWalls*, Patch*, SmileiMPI*, int) »:
src/Species/SpeciesV.cpp:2419:10: attention: variable « bin_has_interpolated » inutilisée [-Wunused-variable]
 2419 |     int *bin_has_interpolated               = new int[Nbins]; // the last element is used to manage the Multiphoton Breit Wheeler dependency
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:2420:10: attention: variable « bin_has_pushed » inutilisée [-Wunused-variable]
 2420 |     int *bin_has_pushed                     = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~
src/Species/SpeciesV.cpp:2421:10: attention: variable « bin_has_done_particles_BC » inutilisée [-Wunused-variable]
 2421 |     int *bin_has_done_particles_BC          = new int[Nbins];
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Z10Frank · 2023-12-19T17:30:48Z

Hello,
some compilers do not recognise those variables as allowed variables in the OpenMP task directives.
I am using clang 17.0, I have already compiled it before with intel 20. I remember that intel version 18 or 19 may have that problem, I don't know about gcc.

mccoys · 2024-01-18T09:21:25Z

@Z10Frank Maybe remove the task compilation from doc temporarily?

Or recommend not to use gcc?
A few years ago there were similar errors apparently: https://stackoverflow.com/questions/36322638/depend-clause-in-openmp-is-not-respecting-dependence-declared
gcc 10.2 is from 2020. Maybe works with more recent versions

Z10Frank · 2024-01-18T12:34:19Z

Indeed, from the doc https://smileipic.github.io/Smilei/Use/installation.html#advanced-compilation-options :

make config=omptasks   # use OpenMP task parallelization, not supported by old compilers

W-Wuxian added the bug label Dec 15, 2023

mccoys mentioned this issue Jan 18, 2024

Error with VectorPatch.o when making #679

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VectorPatch Compiling Errors #678

VectorPatch Compiling Errors #678

W-Wuxian commented Dec 15, 2023

Z10Frank commented Dec 15, 2023

W-Wuxian commented Dec 19, 2023 •

edited

Z10Frank commented Dec 19, 2023

mccoys commented Jan 18, 2024

Z10Frank commented Jan 18, 2024

VectorPatch Compiling Errors #678

VectorPatch Compiling Errors #678

Comments

W-Wuxian commented Dec 15, 2023

Description

Steps to reproduce the problem

Parameters

Z10Frank commented Dec 15, 2023

W-Wuxian commented Dec 19, 2023 • edited

Z10Frank commented Dec 19, 2023

mccoys commented Jan 18, 2024

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