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功能需求:在保存科研文章时通过DOI获取文献的元数据 #6465
Comments
关于DOI,可以视为是一篇文章的ID,通过这个ID我们可以借助一些服务网站(如easyscholar,最近推出了自己的API)查阅到文章的元数据,如摘要,期刊(发表在哪,期刊的影响力在一定程度上可以说明文章的好坏),期刊的影响因子(通常越大,说明文章越值得阅读),发表日期(用来筛选近年来发表文献时十分有用),被引数(被引用多,说明文章影响力越大) |
okay 我大概知道 DOI 的定义了,但... 我需要一个例子:
也就是我需要一个非常真实的使用流程,这样我才能知道简悦如何做。 PS:之前也有一些 Zotero 用户,希望可以支持简悦,但完全没法说清楚 TA 希望的方式,只是很抽象的说简悦应该支持 Zotero (这样我只能 Get 到需求,但没法让这个功能「落地」) |
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我刚刚还没写好就误点了comment |
需求:期刊,年份,影响因子,摘要,这四个比较重要一些。目前通过Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出并自动更新数据到一个json文件,Obsidian的bibnotes调用数据实现 |
DOI的获取,我得承认这估计也是个麻烦事。 ACS和爱思唯尔类似 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acssuschemeng.0c08749 nature的在文章末尾,但和页面链接的末尾一致 https://www.nature.com/articles/s41598-020-66039-0 RSC的不太一样,在右侧栏里 https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2010/ce/b926144c |
我想是不是可以按照这个流程实现: |
okay 我研究下,下午时间比较零碎,我先理解你的回复后再集中提问。 |
通过这几个例子我大概明白了,你看下我说的是是否正确? DOI 肯定会体现在网页上,只是不同的网站位置等没有规律,同时 DOI 跟 URL 也不完全一致(你的例子中只有一例是一致的) 如果是这样的话,也算是可以解决,只是不同的网站需要不同的适配。 引申下:假设将 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1293255807000842 直接导入到 Zotero 后,它是会自动识别这些页面的 DOI 吗? 但仍有几个不理解的地方:
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对于https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1293255807000842, Zotero只能通过浏览器插件保存,会识别DOI以及摘要等其他元数据
DOI是基础,更重要的是通过DOI获取的能够筛选文献的其他献元数据。
需要的是三个软件条目的互相连通,即我选择了任一软件中的某一条目,我可以快捷的打开另外两个软件中相应的条目。 最初设想的元数据导入的目的是, 通过将元数据导入到Obsidian(配合dataview插件)实现替代Zotero文献管理的效果,而Obsidian和简悦两者之间是可以联通的,这样就实现了文献阅读与标注,文献筛选与管理,笔记写作与检索三部分工作都在OB和简悦这两个可以互相联通的软件中进行。Zotero只保留了在Word中正式写文章时的文献插入功能。 但现在我想是否可以从Zotero的Api获取条目Key,通过组合“zotero://select/library/items/”+“key”的方式获得条目链接,并将其加入到简悦条目的元数据中,实现三者的互联互通,毕竟Zotero的文献管理还是更方便一些。 “将一些你(用户)需要的元数据导入”,我提出的方案是通过读取Zotero的Better BibTex for Zotero插件导出的JSON文件进行,在上一步通过DOI保存条目到Zotero的时候,我们或许可以获得Zotero里新建条目的Key,通过这个Key去匹配JSON文件里的元数据将其导入到简悦和Obsidian中,这是Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件采用的方案。请注意,这不一定是最佳的,优势在于通过Zotero获取文献元数据已经相当成熟。 |
对了,元数据还有作者,这个也是比较重要的 |
有点晕,我懂技术,也经常使用 Obsidian,但完全不使用 Zotero(仅了解它的个别功能),所以从这个前提下,我能看懂 #6465 (comment) 说的内容,但不明白。 同样,我现在遇到的问题也是其他 Zotero 用户跟我提需求时我遇到的问题一样。 其实,简悦导入的产品很多,比如:思源笔记、Obsidian、Logseq、Notion 等等十几个不止的 App 对于我来说不可能完全需要了解每个产品,我只需要了解的是:用户希望简悦(我)做到什么,仅此而已。😂 同理,Zotero 对于我来说也是如此,比如:你最开始说需要获取 DOI,好(作为开发者来说)我要了解 DOI,然后你明确的告诉我 #6465 (comment) 是什么,对我来说很清晰,非常 OK 👍 所以,保持这个节奏,我的疑惑很简单,即我只需要了解一个真实的使用流程,如: 打开任意一个文献类的 URL → 进入阅读模式 → 在阅读模式中显示作者、DOI 等关键信息,然后我就不知道你(用户)想要什么了,所以你希望的下一步是...
导入时,如果是 ➊ 的话,你需要简悦什么?如果是 ➋ 的话,你需要简悦什么?仅此而已,很简单是吧~ 我不需要用户是否了解 API、技术这些,我只需要知道用户明确的使用流程,因此才知道简悦缺少什么以及是否可行。 |
首先导入到Zotero,并从Zotero获取元数据和Zotero条目链接到简悦,随后将元数据和条目链接同步到Obsidian |
可能需要 Zotero API 可能有点「麻烦」,之前也是卡壳在这里。 元数据都需要哪些?
具体如何「链接」? |
元数据如上
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或者简而言之
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关于key,即Zotero条目ID,具有唯一性
关于录屏,我实现不了啊,咋录屏 |
之前就是在Zotero内做笔记,通过Obsidian的BibNotes Formatter (for Zotero)插件将笔记导出到Obsidian,导出的笔记中自带Zotero条目链接即文献其他元数据 |
说一个类似的操作吧,Research Rabbit通过APi实现和Zotero的相互同步 |
关于条目链接,这样可以从简悦打开Zotero,还差一个把简悦的条目链接同步给Zotero以实现从Zotero打开简悦 |
有点意思,我研究研究 👍 对应的就是 这个图 的效果吗?
你不是录制的很好嘛 😂 PS:你使用的是 Zotero 版本是什么? |
Zotero7, 我是说我实现不了你“黄色标注部分”文字 |
不太一样,他们是互相同步,但我在选中Rabbit的条目后无法一键打开对应的Zotero条目,只能在复制标题或者DOI回到Zotero中去搜索。同样,在选中Zotero的条目后,我也无法一键打开Rabbit去查看相关文献(这是Rabbit的核心功能)。对于Zotero和简悦,我期望他们在实现元数据同步的同时可以互相一键打开对应条目。 |
从Obsidian一键打开zotero示例,Zotero自带了导出模板,复制粘贴即可轻松获得条目和笔记链接 视频中对应的粘贴内容:“Supplementary Figure 2. Comparison of IR spectra of fresh Cu/UiO-66-a, Cu/UiO-66-b, and UiO-66 showing the decrease in intensity of OH groups (3671 cm-1) on the Zr6 nodes. The results suggest that the Cu species interact with the O” ([Zhu 等, 2020, p. 12](zotero://select/groups/2870540/items/FM8BQEW8)) ([pdf](zotero://open-pdf/groups/2870540/items/7NWGWQTS?page=12&annotation=LG8UYIY8)) 🖌️补充图 2.新鲜 Cu/UiO-66-a、Cu/UiO-66-b 和 UiO-66 的红外光谱对比图,显示 Zr6 节点上 OH 基团(3671 cm-1)的强度降低。结果表明,Cu 物种与 Zr6 节点上的 O🖌️ #test compressed_QQ2024425-155622.mp4 |
我测试了复制粘贴,跟你的效果不一样,我粘贴,你是使用了某些 Zotero 插件吗?(而且明显你在粘贴的时候是带有 URL Scheme 的)
这个我稍后了解下,因为视频很清晰了,所以应该没有什么特别的疑问。 |
官网介绍, 这是我用的模版: {{highlight}} {{citation}} {{comment}} {{if tags}} #{{tags join=' #'}}{{endif}} compressed_QQ2024425-164325.mp4 |
okay 明白了 👍 |
我考虑下这套流程,其实你提到了两个问题:
你的想法:如果可以让简悦读取 DOI 然后得到你需要的这些元数据,同时简悦还具有标注和导入到 Obsidian 功能,这样就可以替代 Zotero 了? Zotero 7 自身就带有标注系统,所以这部份的功能跟简悦「重叠」了,但 Zotero 在抓取文章(非期刊类)的效果明显不如简悦,所以简悦用户可以使用 #5927 来弥补 Zotero 抓取文章的不足。 |
我比较需要的是,“可以互相一键打开对应条目”,可以先不要具体到一个标注,我期望的是三个软件的条目保持一致,可以互相快速打开对应条目。 |
okay 我研究下这套流程,有需要随时再沟通。 PS:我之前说过 Zotero 的简悦用户不少,也提了各种需求,但都没办法说清楚具体应该怎么做。😂 |
请描述你的建议或任何内容
当网页是研究文献时,是否可以通过 DOI 获取和添加出版年份、期刊名称、影响因子、期刊划分等
补充说明
在我使用简悦+Obsidian+Zotero进行文献阅读时存在严重的割裂,三者中只有Zotero具有文章的元数据,可以方便的进行筛选。但是简悦保存的笔记很难和Zotero里的条目进行关联,这导致我往往更倾向于保存到Zotero后在Zotero中进行阅读和记录。如果可以实现通过DOI获取文献元数据的功能,配合Obsidian的Dataview,我们可以把阅读整理的全流程聚焦在简悦和Obsidian。
PS:以上实现后还有一个小割裂,需要将有引用需求的文章保存到Zotero。初步设想,Zotero有自己的Api,可以在文章添加“引用”标签后自动通过Api和DOI将文章保存到Zotero。
PSS: 说到这,是不是可以自动将文章通过Api和DOI保存到Zotero,但不确定是否可以解决了关联问题,这个解决不掉,很难将文献阅读和标注放在简悦里。
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