关于trackVis的问题

[Zh-MicroSat]

我在使用trackVis遇到了一定的问题，我的代码如下：

file <- list.files(pattern = '.bw')
data <- loadBigWig(file)
save(data,file = 'Data.rda')
load('Data.rda')
mybw <- data
trackVis(bWData = mybw,chr = "Wnk4",region.min = 101167654,region.max = 101168235)
错误信息如下所示：
Error in combine_vars():
! Faceting variables must have at least one value
Run rlang::last_error() to see where the error occurred.
Warning messages:
1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
详细展开错误信息如下：
<error/rlang_error>
Error in combine_vars():
! Faceting variables must have at least one value

---

Backtrace:
▆

1. ├─base (local) <fn>(x)
2. └─ggplot2:::print.ggplot(x)
3. ├─ggplot2::ggplot_build(x)
4. └─ggplot2:::ggplot_build.ggplot(x)

5. └─layout$setup(data, plot$data, plot$plot_env)
   

6.   └─ggplot2 (local) f(..., self = self)
   

7.     └─self$facet$compute_layout(data, self$facet_params)
   

8.       └─ggplot2 (local) f(...)
   

9.         ├─ggplot2:::unrowname(...)
   

10.         │ └─base::is.data.frame(x)
    

11.         └─**ggplot2::combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop)**
    

12.           └─rlang::abort("Faceting variables must have at least one value")
    

粗体部分似乎为主要问题，期待您的回复

[junjunlab]

chr参数传入的是染色体名称,不是基因名,请仔细阅读说明文档。

[Dongxu-Zheng]

我也遇到了同样的问题。
trackVis(bWData = mybw, gtf.file = gtf.v39, gene.name = 'TP53')
Warning: no non-missing arguments to min; returning InfWarning: no non-missing arguments to max; returning -InfError in combine_vars():
! Faceting variables must have at least one value
Backtrace:
1. base (local) (x)
2. ggplot2:::print.ggplot(x)
4. ggplot2:::ggplot_build.ggplot(x)
5. layout$setup(data, plot$data, plot$plot_env)
6. ggplot2 (local) f(..., self = self)
7. self$facet$compute_layout(data, self$facet_params)
8. ggplot2 (local) f(...)
11. ggplot2::combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop)
感觉是在寻找gene的时候有问题。用refseq的gtf作为注释文件，画transcript没问题，但是用trackVis会有colname找不到的问题，函数应该是找gene_name，但是refseq默认该列为gene_id

[junjunlab]

你可以尝试给自己的导入的gtf添加一列gene_name就行了

[Dongxu-Zheng]

你可以尝试给自己的导入的gtf添加一列gene_name就行了

我加了，但是画track的时候，输入基因名是不对的，显示如上我说的报错。谢谢回复

[junjunlab]

那就不知道了

[Dongxu-Zheng]

那就不知道了

那我自己把函数修改修改看看能不能解决😅