forked from samtools/samtools
/
Makefile.mingw
63 lines (52 loc) · 2.04 KB
/
Makefile.mingw
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
CC= gcc.exe
AR= ar.exe
CFLAGS= -g -Wall -O2
DFLAGS= -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
BCFOBJS= bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
PROG= samtools.exe bcftools.exe
INCLUDES= -I. -Iwin32
SUBDIRS= .
LIBPATH=
.SUFFIXES:.c .o
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
all:$(PROG)
.PHONY:all lib clean cleanlocal
.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
lib:libbam.a
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
bam_tview.o:bam.h faidx.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
sam_header.o:sam_header.h khash.h
bcf.o:bcftools/bcf.h
bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
errmod.o:errmod.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
clean:
rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib